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1scz

Improved structural model for the catalytic domain of E.coli dihydrolipoamide succinyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrolipoamide Succinyltransferase

Escherichia coli

UniProt P07016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 172–404 片段：catalytic domain, residues 172-404 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；5% PEG 4000,0.05M Hepes, 0.2M Ammonium acetate, 0.15M Magnesium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.20 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SCZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BAL THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE E3-BINDING DOMAIN OF THE DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE CORE FROM THE 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF (ESCHERICHIA COLI) 提交 1992-02-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 103–152（50 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1BBL THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF THE E3-BINDING DOMAIN OF THE DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE CORE FROM THE 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI 提交 1992-02-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 103–152（50 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1C4T CATALYTIC DOMAIN FROM TRIMERIC DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 提交 1999-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 173–405（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404
链 B 173–405（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404
链 C 173–405（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1E2O CATALYTIC DOMAIN FROM DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 提交 1998-05-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 172–404（233 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 172 - 404
未记录 SO4 SULFATE ION × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2M AMMONIUM SULFATE, 1% ETHANOL, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.249
1PMR LIPOYL DOMAIN FROM THE DIHYDROLIPOYL SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT OF THE 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1997-07-24 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–80（80 aa） 片段：LIPOYL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2BTG peripheral-subunit binding domains from mesophilic,thermophilic, and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state transitions 提交 2005-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 108–152（45 aa） 片段：RESIDUES 108-152
突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K
NMR样品组成 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 10% D2O
分辨率未提供
2BTH Peripheral-subunit binding domains from mesophilic, thermophilic, and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state transitions 提交 2005-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 108–152（45 aa） 片段：RESIDUES 108-152
突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K
NMR样品组成 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 10% D2
分辨率未提供

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ODO2_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–233； UniProt 172–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1scz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1scz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1scz
沉积日期 deposition_date2004-02-12
结构标题 titleImproved structural model for the catalytic domain of E.coli dihydrolipoamide succinyltransferase
关键词 keywordsCoA-dependent acyltransferase, CAT-like, alpha and beta (2 layers), mixed beta-sheeet of 6 strands, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.32 Å
零角强度 I(0) i012051800.00
分子量 molecular_weight26073.0 kDa
排除体积 excluded_volume32906 ų
包络体积 envelope_volume42711 ų
水化壳体积 shell_volume18797 ų
包络直径 envelope_diameter74.5 Å
壳层 Rg shell_rg25.55 Å
包络 Rg envelope_rg20.44 Å
形状 Rg shape_rg19.30 Å
总 Rg total_rg20.38 Å
总原子数 total_atoms1827
残基数 n_residues233
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.5 Å
Rg (实空间) rg_real20.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12050000.0000
解质量估计 total_estimate0.8492
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.2 Å
偏度 Skewness skewness0.447
峰度 Kurtosis kurtosis0.013
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1774000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.691; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1scza_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.43 — CoA-dependent acyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.43.1 — CoA-dependent acyltransferases
家族 Family familyc.43.1.1 — CAT-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1sczA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chloramphenicol acetyltransferase-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)