SAXSdb — 1sd1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-methylthioadenosine phosphorylase ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–283	未记录	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；12% (W/V) PEG 6000, 25%(V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M Tris-HCL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SD1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CB0 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE AT 1.7 A RESOLUTION 提交 1999-02-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	突变：ILE56VAL	ADE ADENINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
1CG6 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE AND SULFATE AT 1.7 A RESOLUTION 提交 1999-03-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	突变：ILE56VAL	SO4 SULFATE ION × 3 MTA 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；12% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M TRIS-HCL PH 7.8, 0.002M DTT, pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.225
1K27 Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase in Complex with a Transition State Analogue 提交 2001-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 MTM (3S,4R)-2-(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDINE-3,4-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 6000, Spermidine, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.207
1SD2 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 5'-METHYLTHIOTUBERCIDIN 提交 2004-02-12	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MTH 2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-METHYLSULFANYLMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；12% (W/V) PEG 6000, 25%(V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M Tris-HCL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.207
3LN5 Crystal structure of HLA-B*4104 in complex with a 11mer self-peptide derived from S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase 提交 2010-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 227–237（11 aa）片段：UNP residues 227-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
3OZC Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；291 K；0.2M NaCl, 0.1M phosphate buffer, 10% PEG 8000, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.93 Å R-free 0.154
3OZD Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M NaCl, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OZD Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M NaCl, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OZE Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；200mM NaCl, 0.1M Hepes, 20% PEG3000, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3OZE Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–283（283 aa）链 E 1–283（283 aa）链 F 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；200mM NaCl, 0.1M Hepes, 20% PEG3000, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
5EUB Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with 2-amino-MTA and sulfate 提交 2015-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 5S7 (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-2-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-5-(methylsulfanylmethyl)oxolane-3,4-diol × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Protein 15 mg/mL, Reservoir 0.2 M magnesium chloride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.193
5TC5 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with butylthio-DADMe-Immucillin-A and chloride 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	BIG (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-[(butylsulfanyl)methyl]pyrrolidin-3-ol × 3 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (3 M sodium chloride and 0.1 M sodium acetate (pH 4.5))	分辨率 1.96 Å R-free 0.217
5TC6 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with propylthio-immucillin-A 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	7A6 (2S,3S,4R,5S)-2-(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)-5-[(propylsulfanyl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.17 M sodium acetate, 85 mM Tris:HCl (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 4000 and 15% (v/v) glycerol)	分辨率 1.48 Å R-free 0.185
5TC7 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with 5'-methylthiotubercidin at 1.75 angstrom 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9 MTH 2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-METHYLSULFANYLMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 4000)	分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5TC8 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with methylthio-DADMe-Immucillin-A 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	TDI (3R,4S)-1-[(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)METHYL]-4-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDIN-3-OL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate:citric acid (pH 5.5) and 40% (v/v) PEG 400)	分辨率 1.80 Å R-free 0.180
6DYZ Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((prop-2-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 OS2 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(prop-2-yn-1-yl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEG6000	分辨率 1.62 Å R-free 0.190
6DZ0 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((pent-4-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 OS3 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(pent-4-yn-1-yl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEG6000	分辨率 1.62 Å R-free 0.176
6DZ2 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 1 OS5 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.99 Å R-free 0.236
6DZ3 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 OS6 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol × 3 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.91 Å R-free 0.220

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sd1
沉积日期 deposition_date	2004-02-12
结构标题 title	STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH FORMYCIN A
关键词 keywords	METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE, PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE, PURINE SALVAGE, FORMYCIN A, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.72 Å
零角强度 I(0) i0	15622800.00
分子量 molecular_weight	29790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37332 Å³
包络体积 envelope_volume	41907 Å³
水化壳体积 shell_volume	19411 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.34 Å
包络 Rg envelope_rg	18.00 Å
形状 Rg shape_rg	17.72 Å
总 Rg total_rg	18.64 Å
总原子数 total_atoms	2085
残基数 n_residues	268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.104
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4375000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-methylthioadenosine phosphorylase ;
分子量 formula_weight	31277.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2334

MASGTTTTAVKIGIIGGTGLDDPEILEGRTEKYVDTPFGKPSDALILGKIKNVDCVLLARHGRQHTIMPSKVNYQANIWALKEEGCTHVIVTTACGSLREEIQPGDIVIIDQFIDRTTMRPQSFYDGSHSCARGVCHIPMAEPFCPKTREVLIETAKKLGLRCHSKGTMVTIEGPRFSSRAESFMFRTWGADVINMTTVPEVVLAKEAGICYASIAMATDYDCWKEHEEAVSVDRVLKTLKENANKAKSLLLTTIPQIGSTEWSETLHNLKNMAQFSVLLPRH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol
分子量 formula_weight	267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1sd1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1sd1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.000 Å
晶胞边长 b length_b	121.000 Å
晶胞边长 c length_c	44.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.1976

fit	/app/data/saxs_computation/sd/1sd1/1sd1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sd/1sd1/1sd1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sd/1sd1/1sd1.dat

STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH FORMYCIN A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-methylthioadenosine phosphorylase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction