SAXSdb — 1sez

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial

Nicotiana tabacum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 4-BROMO-3-(5'-CARBOXY-4'-CHLORO-2'-FLUOROPHENYL)-1-METHYL-5-TRIFLUOROMETHYL-PYRAZOL × 2 2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 4-BROMO-3-(5'-CARBOXY-4'-CHLORO-2'-FLUOROPHENYL)-1-METHYL-5-TRIFLUOROMETHYL-PYRAZOL × 4 2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPOM_TOBAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 1–504 作者链 B； PDB构建体 1–504； UniProt 1–504

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sez
沉积日期 deposition_date	2004-02-19
结构标题 title	Crystal Structure of Protoporphyrinogen IX Oxidase
关键词 keywords	FAD-binding, Para-hydroxy-benzoate-hydroxylase fold (PHBH-fold), monotopic membrane-binding domain, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sez__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sez__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sez__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.64 Å
Rg（电子密度）	45.82 Å
总 Rg	45.98 Å
原子数	14304
残基数	1824
排除体积	254870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sez__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1sez__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial
分子量 formula_weight	55902.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7295

MAPSAGEDKHSSAKRVAVIGAGVSGLAAAYKLKIHGLNVTVFEAEGKAGGKLRSVSQDGLIWDEGANTMTESEGDVTFLIDSLGLREKQQFPLSQNKRYIARNGTPVLLPSNPIDLIKSNFLSTGSKLQMLLEPILWKNKKLSQVSDSHESVSGFFQRHFGKEVVDYLIDPFVAGTCGGDPDSLSMHHSFPELWNLEKRFGSVILGAIRSKLSPKNEKKQGPPKTSANKKRQRGSFSFLGGMQTLTDAICKDLREDELRLNSRVLELSCSCTEDSAIDSWSIISASPHKRQSEEESFDAVIMTAPLCDVKSMKIAKRGNPFLLNFIPEVDYVPLSVVITTFKRENVKYPLEGFGVLVPSKEQQHGLKTLGTLFSSMMFPDRAPNNVYLYTTFVGGSRNRELAKASRTELKEIVTSDLKQLLGAEGEPTYVNHLYWSKAFPLYGHNYDSVLDAIDKMEKNLPGLFYAGNHRGGLSVGKALSSGCNAADLVISYLESVSTDSKRHC

来源 Source

来源生物 organism	Nicotiana tabacum
通用名 common_name	common tobacco
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4097
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-BROMO-3-(5'-CARBOXY-4'-CHLORO-2'-FLUOROPHENYL)-1-METHYL-5-TRIFLUOROMETHYL-PYRAZOL
分子量 formula_weight	401.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1seza1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1seza2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

结构域编号 domain_id	d1sezb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1sezb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1sezA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1sezA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2

结构域编号 domain_id	1sezA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3110 — protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3

结构域编号 domain_id	1sezB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1sezB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	660 — Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2

结构域编号 domain_id	1sezB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3110 — protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	119.090 Å
晶胞边长 b length_b	147.250 Å
晶胞边长 c length_c	127.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.730 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2930

Crystal Structure of Protoporphyrinogen IX Oxidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sez__assembly_2__model_1

1sez__assembly_2__model_1 | I(q)

1sez__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Protoporphyrinogen IX Oxidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sez__assembly_2__model_1

1sez__assembly_2__model_1 | I(q)

1sez__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)