1sfk

Core (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein

Kunjin virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 4 PHOSPHATE ION × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	CALCIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_KUNJM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 G； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98 作者链 H； PDB构建体 1–76； UniProt 23–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sfk
沉积日期 deposition_date	2004-02-19
结构标题 title	Core (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin
关键词 keywords	ALPHA HELIX, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sfk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sfk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sfk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.64 Å
Rg（电子密度）	20.77 Å
总 Rg	21.96 Å
原子数	2211
残基数	276
排除体积	40406 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sfk__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1sfk__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1sfk__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1sfk__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Core protein
分子量 formula_weight	8615.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	4448

RVLSLTGLKRAMLSLIDGRGPTRFVLALLAFFRFTAIAPTRAVLDRWRSVNKQTAMKHLLSFKKELGTLTSAINRR

来源 Source

来源生物 organism	Kunjin virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1sfka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfke_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

结构域编号 domain_id	d1sfkh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.190 — Flavivirus capsid protein C
超家族 Superfamily superfamily	a.190.1 — Flavivirus capsid protein C
家族 Family family	a.190.1.1 — Flavivirus capsid protein C

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1sfkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	1sfkH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

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晶胞边长 a length_a	85.655 Å
晶胞边长 b length_b	85.655 Å
晶胞边长 c length_c	214.384 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2521
R_work r_work	0.2491
R_free r_free	0.3112

Core (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sfk__assembly_1__model_1

1sfk__assembly_1__model_1 | I(q)

1sfk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Core (C) protein from West Nile Virus, subtype Kunjin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sfk__assembly_1__model_1

1sfk__assembly_1__model_1 | I(q)

1sfk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)