1slq

Crystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus VP4 membrane interaction domain, VP5CT

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

Rhesus rotavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91HI9_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525 作者链 B； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525 作者链 C； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525 作者链 D； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525 作者链 E； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525 作者链 F； PDB构建体 1–278； UniProt 248–525

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1slq
沉积日期 deposition_date	2004-03-06
结构标题 title	Crystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus VP4 membrane interaction domain, VP5CT
关键词 keywords	;beta sandwich, greek key, alpha helical triple coiled-coil, membrane penetration protein, non-enveloped virus, spike protein, Viral protein ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1slq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1slq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1slq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.26 Å
Rg（电子密度）	28.38 Å
总 Rg	29.28 Å
原子数	6364
残基数	799
排除体积	112500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1slq__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1slq__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1slq__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1slq__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1slqa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

结构域编号 domain_id	d1slqb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

结构域编号 domain_id	d1slqc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

结构域编号 domain_id	d1slqd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

结构域编号 domain_id	d1slqe_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

结构域编号 domain_id	d1slqf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.47 — VP4 membrane interaction domain
超家族 Superfamily superfamily	f.47.1 — VP4 membrane interaction domain
家族 Family family	f.47.1.1 — VP4 membrane interaction domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1slqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1slqB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1slqC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1slqD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1slqE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1slqF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	244.843 Å
晶胞边长 b length_b	244.843 Å
晶胞边长 c length_c	104.778 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 42 2 2
空间群编号 int_tables_number	93
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3100
R_work r_work	0.3080
R_free r_free	0.3380

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	31307.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	12772

Crystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus VP4 membrane interaction domain, VP5CT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1slq__assembly_2__model_1

1slq__assembly_2__model_1 | I(q)

1slq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)

来源生物 organism	Rhesus rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10969
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Crystal structure of the trimeric state of the rhesus rotavirus VP4 membrane interaction domain, VP5CT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1slq__assembly_2__model_1

1slq__assembly_2__model_1 | I(q)

1slq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)