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1sra

STRUCTURE OF A NOVEL EXTRACELLULAR CA2+-BINDING MODULE IN BM-40(SLASH)SPARC(SLASH)OSTEONECTIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPARC

Homo sapiens

UniProt P09486

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 153–303 片段：CARBOXY-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 136 - 286) CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5 分辨率 2.00 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SRA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BMO BM-40, FS/EC DOMAIN PAIR 提交 1997-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 71–303（233 aa） 片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286
链 B 71–303（233 aa） 片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20 DEG C: 10 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS PH 7.5 + 2 MM CACL2; 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.15 M NA-ACETATE, 15% PEG4K, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 3.10 Å R-free 0.322
1NUB HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR 提交 1997-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 71–303（233 aa） 片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING
突变：DEL(1-52, 196-203) CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.80 Å R-free 0.306
1NUB HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR 提交 1997-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 71–303（233 aa） 片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING
突变：DEL(1-52, 196-203) CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.80 Å R-free 0.306
2V53 Crystal structure of a SPARC-collagen complex 提交 2008-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 70–212（143 aa） 片段：FS AND EC DOMAINS, RESIDUES 70-212,221-303
链 A 221–303（83 aa） 片段：FS AND EC DOMAINS, RESIDUES 70-212,221-303
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.320

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPRC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 153–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1sra

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1sra
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1sra
沉积日期 deposition_date1995-08-21
结构标题 titleSTRUCTURE OF A NOVEL EXTRACELLULAR CA2+-BINDING MODULE IN BM-40(SLASH)SPARC(SLASH)OSTEONECTIN
关键词 keywordsEXTRACELLULAR MATRIX PROTEIN, CALCIUM-BINDING PROTEIN; CALCIUM-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.44 Å
零角强度 I(0) i06153280.00
分子量 molecular_weight18026.0 kDa
排除体积 excluded_volume22584 ų
包络体积 envelope_volume25897 ų
水化壳体积 shell_volume14183 ų
包络直径 envelope_diameter52.0 Å
壳层 Rg shell_rg21.19 Å
包络 Rg envelope_rg15.69 Å
形状 Rg shape_rg15.41 Å
总 Rg total_rg16.61 Å
总原子数 total_atoms1265
残基数 n_residues151
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.6 Å
Rg (实空间) rg_real16.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6153000.0000
解质量估计 total_estimate0.9002
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.5 Å
偏度 Skewness skewness0.070
峰度 Kurtosis kurtosis-0.460
角度范围 angular_range— – 0.4750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha841500.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1sraa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.3 — Osteonectin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1sraA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)