SAXSdb — 1srq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase-activating protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 75–415 链 B； UniProt 75–415	片段：Residues 75-415, catalytic fragment 突变：Q204A	SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；PEG 3350, MPD, magnesium sulfate, HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 75–415 链 D； UniProt 75–415	片段：Residues 75-415, catalytic fragment 突变：Q204A	SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；277 K；PEG 3350, MPD, magnesium sulfate, HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SRQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 75–415（341 aa）片段：Rap1GAP, UNP residues 75-415	突变：Q204A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 75–415（341 aa）片段：Rap1GAP, UNP residues 75-415	突变：Q204A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 75–415（341 aa）片段：Rap1GAP, UNP residues 75-415	突变：Q204A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–341； UniProt 75–415 作者链 B； PDB构建体 1–341； UniProt 75–415 作者链 C； PDB构建体 1–341； UniProt 75–415 作者链 D； PDB构建体 1–341； UniProt 75–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1srq
沉积日期 deposition_date	2004-03-23
结构标题 title	Crystal Structure of the Rap1GAP catalytic domain
关键词 keywords	MIXED ALPHA-BETA, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.07 Å
零角强度 I(0) i0	190720000.00
分子量 molecular_weight	115920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146430 Å³
包络体积 envelope_volume	210050 Å³
水化壳体积 shell_volume	44574 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.23 Å
包络 Rg envelope_rg	40.91 Å
形状 Rg shape_rg	42.08 Å
总 Rg total_rg	42.18 Å
总原子数 total_atoms	8194
残基数 n_residues	1024
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	190700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8790
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.293
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.646
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.904

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	38958.3 kDa
突变 mutation	Q204A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8241

PTTKVKLECNPTARIYRKHFLGKEHFNYYSLDTALGHLVFSLKYDVIGDQEHLRLLLRTKCRTYHDVIPISCLTEFPNVVQMAKLVCEDVNVDRFYPVLYPKASRLIVTFDEHVISNNFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQTGTESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENTPFVPDMIASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKLINAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1srqa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.55 — Rap/Ran-GAP
超家族 Superfamily superfamily	e.55.1 — Rap/Ran-GAP
家族 Family family	e.55.1.1 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	d1srqb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.55 — Rap/Ran-GAP
超家族 Superfamily superfamily	e.55.1 — Rap/Ran-GAP
家族 Family family	e.55.1.1 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	d1srqc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.55 — Rap/Ran-GAP
超家族 Superfamily superfamily	e.55.1 — Rap/Ran-GAP
家族 Family family	e.55.1.1 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	d1srqd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.55 — Rap/Ran-GAP
超家族 Superfamily superfamily	e.55.1 — Rap/Ran-GAP
家族 Family family	e.55.1.1 — Rap/Ran-GAP

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1srqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	1srqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11210 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	1srqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	1srqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11210 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	1srqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	1srqC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11210 — Rap/Ran-GAP

结构域编号 domain_id	1srqD01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	170.700 Å
晶胞边长 b length_b	224.500 Å
晶胞边长 c length_c	48.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	14.990 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2318
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/sr/1srq/1srq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sr/1srq/1srq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sr/1srq/1srq.dat

Crystal Structure of the Rap1GAP catalytic domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction