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1sux

CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE COMPLEX BETWEEN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI AND 3-(2-benzothiazolylthio)-1-propanesulfonic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Triosephosphate isomerase, glycosomal

Trypanosoma cruzi

UniProt P52270

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–251 链 B； UniProt 1–251 未记录 SO4 SULFATE ION × 7 BTS 3-(2-BENZOTHIAZOLYLTHIO)-1-PROPANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 400, HEPES, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.00 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SUX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CI1 CRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI IN HEXANE 提交 1999-04-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–251（251 aa）
链 B 1–251（251 aa）
未记录 HEX HEXANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATUTE BY VAPER DIFFUSION FROM 0.1 M NA HEPES PH7.5, 2%(V/V) PEG400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, THEN SOAKED IN ANHYDROUS N-HEXANE. , VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1TCD TRYPANOSOMA CRUZI TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE 提交 1998-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–251（249 aa）
链 B 3–251（249 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.83 Å R-free 0.258
2OMA Crystallographic analysis of a chemically modified triosephosphate isomerase from Trypanosoma cruzi with dithiobenzylamine (DTBA) 提交 2007-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–251（250 aa）
链 B 2–251（250 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；5 MICROL OF THE PROTEIN SOLUTION WERE MIXED WITH 5 MICROL OF 2 % POLYETHYLENE GLYCOL 400, 0.1 M HEPES, 2.0M AMMONIUM SULFATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K, PH 7.50. CRYSTAL SOAKED IN DITHIOBENZYLAMINE
分辨率 2.15 Å R-free 0.250
2V5B The monomerization of Triosephosphate Isomerase from Trypanosoma cruzi 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–68（68 aa） 片段：RESIDUES 1-68,84-251
链 A 84–251（168 aa） 片段：RESIDUES 1-68,84-251
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；282 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 9 DEGREES. RESERVOIR SOLUTION OF 100 MM HEPES, PH 7.5, 10% PEG 6000, AND 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY ADDING PEG 400 30% TO THE RESERVOIR. THEY WERE IMMEDIATELY FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2V5B The monomerization of Triosephosphate Isomerase from Trypanosoma cruzi 提交 2008-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–68（68 aa） 片段：RESIDUES 1-68,84-251
链 A 84–251（168 aa） 片段：RESIDUES 1-68,84-251
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；282 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 9 DEGREES. RESERVOIR SOLUTION OF 100 MM HEPES, PH 7.5, 10% PEG 6000, AND 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL. THE CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY ADDING PEG 400 30% TO THE RESERVOIR. THEY WERE IMMEDIATELY FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
3Q37 Identification of Amino Acids that Account for Long-Range Interactions in Proteins Using Two Triosephosphate Isomerases from Pathogenic Trypanosomes. 提交 2010-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 35–90（56 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 A 121–251（131 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 B 35–90（56 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 B 121–251（131 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；0.2 Sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
分辨率 1.65 Å R-free 0.220
3Q37 Identification of Amino Acids that Account for Long-Range Interactions in Proteins Using Two Triosephosphate Isomerases from Pathogenic Trypanosomes. 提交 2010-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 35–90（56 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 C 121–251（131 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 D 35–90（56 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
链 D 121–251（131 aa） 片段：UNP P04789 residues 2-35 and 92-119, UNP P52270 residues 35-92 and 121-251
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；0.2 Sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
分辨率 1.65 Å R-free 0.220
4HHP Crystal structure of triosephosphate isomerase from trypanosoma cruzi, mutant e105d 提交 2012-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–251（251 aa）
链 B 1–251（251 aa）
突变：E105D 突变：E105D GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.6；281.15 K；25% w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.01 M Nickel (II) chloride hexahydrate, 5% w/v n-dodecyl-N,N-dimethylamin-N-oxide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.15K
分辨率 1.50 Å R-free 0.196

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPIS_TRYCR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–251； UniProt 1–251 作者链 B； PDB构建体 1–251； UniProt 1–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1sux

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1sux
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1sux
沉积日期 deposition_date2004-03-26
结构标题 titleCRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE COMPLEX BETWEEN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM TRYPANOSOMA CRUZI AND 3-(2-benzothiazolylthio)-1-propanesulfonic acid
关键词 keywordsTRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, TRYPANOSOMA CRUZI, PROTEIN INTERFACES, BENZOTHIAZOLE INHIBITOR, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.70 Å
零角强度 I(0) i050956300.00
分子量 molecular_weight55115.0 kDa
排除体积 excluded_volume68936 ų
包络体积 envelope_volume80465 ų
水化壳体积 shell_volume27533 ų
包络直径 envelope_diameter85.2 Å
壳层 Rg shell_rg31.74 Å
包络 Rg envelope_rg24.85 Å
形状 Rg shape_rg24.66 Å
总 Rg total_rg25.60 Å
总原子数 total_atoms3869
残基数 n_residues500
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.2 Å
Rg (实空间) rg_real25.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real5.0960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal50960000.0000
解质量估计 total_estimate0.8786
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha16460000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.963
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1suxa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
结构域编号 domain_idd1suxb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family familyc.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1suxA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id1suxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)