1szo

Crystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122Ala Mutant Bound to Its Natural Product (2S,4S)-alpha-Campholinic Acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-oxocamphor hydrolase

Rhodococcus sp. NCIMB 9784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 3 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 3 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 3 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 3 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 6 CALCIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE × 6 CALCIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q93TU6_9NOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 B； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 C； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 D； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 E； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 F； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 G； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 H； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 I； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 J； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 K； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 L； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1szo
沉积日期 deposition_date	2004-04-06
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122Ala Mutant Bound to Its Natural Product (2S,4S)-alpha-Campholinic Acid
关键词 keywords	Enzyme-Product Complex, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1szo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1szo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1szo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.74 Å
Rg（电子密度）	26.56 Å
总 Rg	27.36 Å
原子数	5823
残基数	745
排除体积	103490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1szo__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1szo__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1szo__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1szo__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1szo__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1szo__assembly_6__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6-oxocamphor hydrolase
分子量 formula_weight	28446.2 kDa
突变 mutation	H122A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	25284

MKQLATPFQEYSQKYENIRLERDGGVLLVTVHTEGKSLVWTSTAHDELAYCFHDIACDRENKVVILTGTGPSFCNEIDFTSFNLGTPHDWDEIIFEGQRLLNNLLSIEVPVIAAVNGPVTNAPEIPVMSDIVLAAESATFQDGPHFPSGIVPGDGAHVVWPHVLGSNRGRYFLLTGQELDARTALDYGAVNEVLSEQELLPRAWELARGIAEKPLLARRYARKVLTRQLRRVMEADLSLGLAHEALAAIDLGMESEQ

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp. NCIMB 9784
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	157732
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE
分子量 formula_weight	186.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1929

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1szoa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szoc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szod_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szoe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szof_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szog_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szoh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szoi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szoj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szok_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

结构域编号 domain_id	d1szol_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.3 — Crotonase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1szoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1szoL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	83.280 Å
晶胞边长 b length_b	132.008 Å
晶胞边长 c length_c	135.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1640
R_work r_work	0.1640
R_free r_free	0.1980

Crystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122Ala Mutant Bound to Its Natural Product (2S,4S)-alpha-Campholinic Acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-oxocamphor hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1szo__assembly_1__model_1

1szo__assembly_1__model_1 | I(q)

1szo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122Ala Mutant Bound to Its Natural Product (2S,4S)-alpha-Campholinic Acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-oxocamphor hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1szo__assembly_1__model_1

1szo__assembly_1__model_1 | I(q)

1szo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (4)