1t3q

Crystal structure of quinoline 2-Oxidoreductase from Pseudomonas Putida 86

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinoline 2-oxidoreductase small subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	quinoline 2-oxidoreductase large subunit × 2 （P72224） quinoline 2-oxidoreductase medium subunit × 2 （P72222） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 GLYCEROL × 9 SULFATE ION × 8 PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE × 2 DIOXOSULFIDOMOLYBDENUM(VI) ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P72223_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 D； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

quinoline 2-oxidoreductase large subunit

物种未注明

UniProt P72224

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	quinoline 2-oxidoreductase small subunit × 2 （P72223） quinoline 2-oxidoreductase medium subunit × 2 （P72222） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 GLYCEROL × 9 SULFATE ION × 8 PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE × 2 DIOXOSULFIDOMOLYBDENUM(VI) ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P72224_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–788； UniProt 1–788 作者链 E； PDB构建体 1–788； UniProt 1–788

quinoline 2-oxidoreductase medium subunit

物种未注明

UniProt P72222

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	quinoline 2-oxidoreductase small subunit × 2 （P72223） quinoline 2-oxidoreductase large subunit × 2 （P72224） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 GLYCEROL × 9 SULFATE ION × 8 PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE × 2 DIOXOSULFIDOMOLYBDENUM(VI) ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P72222_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 F； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t3q
沉积日期 deposition_date	2004-04-27
结构标题 title	Crystal structure of quinoline 2-Oxidoreductase from Pseudomonas Putida 86
关键词 keywords	QOR, MOLYBDENUM, MCD, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1t3q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1t3q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1t3q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.60 Å
Rg（电子密度）	43.57 Å
总 Rg	43.62 Å
原子数	18790
残基数	2466
排除体积	333610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1t3q__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	quinoline 2-oxidoreductase small subunit
分子量 formula_weight	18043.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	21323

MQAHEESQLMRISATINGKPRVFYVEPRMHLADALREVVGLTGTKIGCEQGVCGSCTILIDGAPMRSCLTLAVQAEGCSIETVEGLSQGEKLNALQDSFRRHHALQCGFCTAGMLATARSILAENPAPSRDEVREVMSGNLCRCTGYETIIDAITDPAVAEAARRGEV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	quinoline 2-oxidoreductase large subunit
分子量 formula_weight	84257.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MMKHEVVALKKKSIGTSVLRREDTRLLTGRGRYIADLVLSGMLHVASLRSPFAHARIVSIDVADAQALPGVELVWCGADVAELSQGIVATMQVEGFQTTIQPLLANGVTRFVGEIVAVVVASSRAIAEDAAQLIQVEYEELPAVTGIEAALEGEARANDTLAGNVVSRTSRARDELAPIFASSAGVVRGQFSCGRVSACPMETRGAVAQYEWTTQQLILWTATQMPSFVRTMVAMFCAIPEHLIEVRVPDVGGGFGQKAHLHPEELLVCLLSRALGRPVRWIEDRQENFLGATHAKQQRNEMGLAFDGDGRFLALENRSITDGGAYNNLPWTQLVESHVGNAVILGVYKVPAVSEESIAVATNKCPIGAYRGVGFTAGQIARETLIDRAARQLGLSPFEIRRRNVVMPEDFPFTNRLGQTHREGTYLQTINLLEEMVNPEAFRQRQAEARARGKYLGLGVSVFNEVTGTGTRTLSFLGTPTTTHDSATVRIDPTGKVTVTTSLASSGQGHETTLAQIAADVLGVPASDVVIQAGSTKNTYGFGAYASRGAVIGAGSIGRAASIVRERVKQLAGHLLEAASEDIVIEDGLVHVAGVPAKGMPFAEVVGAAYFADATHPPGFDATLEATATYDPSDLVLANGGHAAIVEIDASTYATRVTDFFAVEDCGTMINPMIVEGQIRGGIAQAIGQTLLEEVIYDDFGQLVTTTLMDYLIPTTLDVPDIRIRHLETPSPLVPGGIKGMGESAMISAPAAVVAAVNDALAHLEVVIETVPITPERIFRSIQERPMQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	quinoline 2-oxidoreductase medium subunit
分子量 formula_weight	30705.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MKFPAFSYRAPASLQEVIQVLADDPDARIIAGGQSLLPLLAFRLVYPSCLVDLRNVSELFEISQSAGILSVGAMVTHFRNKTDPTVAKCVPILPKVLAHVAHQAVRNRGTLGGSLAHADAGAEMPFLMATLGATMYIASSAGVRSVSATDFMKGHYFTDLEAGEVLVRVEIPIPALHWEFDEYARRKGDYALVMAAAGLSMQGGRCVAARIALGAVEERAHQAIRANDFLVGKVIDESTAATAAELATEGLEPRSDIHGSRDLRLSLAKAITQRVILKAAQGAMYAGA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	696.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DIOXOSULFIDOMOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	160.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2533

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1t3qa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.56 — CO dehydrogenase ISP C-domain like
超家族 Superfamily superfamily	a.56.1 — CO dehydrogenase ISP C-domain like
家族 Family family	a.56.1.1 — CO dehydrogenase ISP C-domain like

结构域编号 domain_id	d1t3qa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1t3qb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.1 — CO dehydrogenase molybdoprotein N-domain-like
家族 Family family	d.41.1.1 — CO dehydrogenase molybdoprotein N-domain-like

结构域编号 domain_id	d1t3qb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.133 — Molybdenum cofactor-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.133.1 — Molybdenum cofactor-binding domain
家族 Family family	d.133.1.1 — Molybdenum cofactor-binding domain

结构域编号 domain_id	d1t3qc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.87.2 — CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain-like
家族 Family family	d.87.2.1 — CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1t3qc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.145 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.145.1 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
家族 Family family	d.145.1.3 — CO dehydrogenase flavoprotein N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1t3qd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.56 — CO dehydrogenase ISP C-domain like
超家族 Superfamily superfamily	a.56.1 — CO dehydrogenase ISP C-domain like
家族 Family family	a.56.1.1 — CO dehydrogenase ISP C-domain like

结构域编号 domain_id	d1t3qd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1t3qe1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.1 — CO dehydrogenase molybdoprotein N-domain-like
家族 Family family	d.41.1.1 — CO dehydrogenase molybdoprotein N-domain-like

结构域编号 domain_id	d1t3qe2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.133 — Molybdenum cofactor-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.133.1 — Molybdenum cofactor-binding domain
家族 Family family	d.133.1.1 — Molybdenum cofactor-binding domain

结构域编号 domain_id	d1t3qf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.87.2 — CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain-like
家族 Family family	d.87.2.1 — CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1t3qf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.145 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.145.1 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
家族 Family family	d.145.1.3 — CO dehydrogenase flavoprotein N-terminal domain-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1t3qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1t3qA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead

结构域编号 domain_id	1t3qB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1t3qC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1t3qC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1t3qD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1t3qD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — [2Fe-2S]-binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead

结构域编号 domain_id	1t3qE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qE04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	365 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain

结构域编号 domain_id	1t3qF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1t3qF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1t3qF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	278.320 Å
晶胞边长 b length_b	72.100 Å
晶胞边长 c length_c	202.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.290 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2070

Crystal structure of quinoline 2-Oxidoreductase from Pseudomonas Putida 86

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinoline 2-oxidoreductase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

quinoline 2-oxidoreductase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

quinoline 2-oxidoreductase medium subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1t3q__assembly_1__model_1

1t3q__assembly_1__model_1 | I(q)

1t3q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of quinoline 2-Oxidoreductase from Pseudomonas Putida 86

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

quinoline 2-oxidoreductase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

quinoline 2-oxidoreductase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

quinoline 2-oxidoreductase medium subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1t3q__assembly_1__model_1

1t3q__assembly_1__model_1 | I(q)

1t3q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)