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1t6l

Crystal Structure of the Human Cytomegalovirus DNA Polymerase Subunit, UL44

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase processivity factor

Human herpesvirus 5

UniProt P16790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–290 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；polyethylene glycol 4000, sodium acetate, sodium chloride, dithiothreitol , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.85 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1T6L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1YYP Crystal structure of cytomegalovirus UL44 bound to C-terminal peptide from CMV UL54 提交 2005-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–290（290 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；2 M ammonium sulfate, 100 mM phosphate-citrate, and 10 mM DTT , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5IWD HCMV DNA polymerase subunit UL44 complex with a small molecule 提交 2016-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–290（290 aa）
未记录 6EV 5-methylidene-3-(methylsulfanyl)-2-benzothiophen-4(5H)-one × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；1 uL of 10 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (pH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 1 uL crystallization buffer (75 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES (pH 7.5) and 10% PEG4K) were mixed in hanging drops. Crystals were obtained by vapor diffusion over a 1.8 M NaCl solution, after one day
分辨率 2.56 Å R-free 0.267
5IXA HCMV DNA polymerase processivity subunit UL44 at neutral pH and low salt 提交 2016-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–290（290 aa）
链 B 1–290（290 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.2 microliter of 8 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (PH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 0.2 microliter crystallization buffer (0.1 M HEPES (PH 7.0) and 18% PEG12K) were mixed and crystallized in sitting drops over the crystallization buffer at room temperature
分辨率 2.68 Å R-free 0.259
8QXW HCMV DNA polymerase processivity factor UL44 unphosphorylated NLS 410-433 bound to mouse importin alpha 2 提交 2023-10-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 410–433（24 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；Sodium citrate 0.65M, HEPES pH7.5, DTT 0.01M
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
8QXX HCMV DNA polymerase processivity factor UL44 phosphorylated NLS 410-433 bound to mouse importin alpha 2 提交 2023-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 410–433（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；Sodium citrate 0.65M, HEPES pH7.0, DTT 0.01M
分辨率 1.90 Å R-free 0.204

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPAP_HCMVA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1t6l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1t6l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t6l
沉积日期 deposition_date2004-05-06
结构标题 titleCrystal Structure of the Human Cytomegalovirus DNA Polymerase Subunit, UL44
关键词 keywordsProcessivity Fold, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.68 Å
零角强度 I(0) i012825600.00
分子量 molecular_weight27620.0 kDa
排除体积 excluded_volume34968 ų
包络体积 envelope_volume41391 ų
水化壳体积 shell_volume18168 ų
包络直径 envelope_diameter69.5 Å
壳层 Rg shell_rg25.36 Å
包络 Rg envelope_rg19.88 Å
形状 Rg shape_rg19.70 Å
总 Rg total_rg20.50 Å
总原子数 total_atoms1941
残基数 n_residues249
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.6 Å
Rg (实空间) rg_real20.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12830000.0000
解质量估计 total_estimate0.7941
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.406
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4982000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1t6la1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1t6la2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1t6lA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)