1t8q

Structural genomics, Crystal structure of Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from E. coli

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, periplasmic

Escherichia coli

UniProt P09394

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MAGNESIUM ION × 2 GLYCEROL × 6 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MAGNESIUM ION × 2 GLYCEROL × 5 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLPQ_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–336; UniProt 25–358 作者链 B; PDB构建体 3–336; UniProt 25–358 作者链 C; PDB构建体 3–336; UniProt 25–358 作者链 D; PDB构建体 3–336; UniProt 25–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t8q
沉积日期 deposition_date2004-05-13
结构标题 titleStructural genomics, Crystal structure of Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from E. coli
关键词 keywordsPhosphodiesterase, Structural genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Midwest Center for Structural Genomics, MCSG, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1t8q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1t8q__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1t8q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.26 Å
Rg(电子密度)27.32 Å
总 Rg28.14 Å
原子数5348
残基数637
排除体积95134 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1t8q__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1t8q__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1t8qa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.3 — Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
结构域编号 domain_idd1t8qb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.3 — Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
结构域编号 domain_idd1t8qc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.3 — Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
结构域编号 domain_idd1t8qd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.3 — Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1t8qA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1t8qB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1t8qC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1t8qD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
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7. 引用文献 (1)