Trypsin inhibitor 1
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 40–53 | 突变：C3(ABA), C11(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；290 K；压力 ambient NMR样品组成：10 mM peptide in 0.5 ml solvent | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：10 mM peptide in 0.5 ml solvent | 100% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1T9E | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JBL Solution structure of SFTI-1, A cyclic trypsin inhibitor from sunflower seeds 提交 2001-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–14（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5；273 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 4.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient
NMR样品组成
1mM SFTI-1 | 20mM sodium phosphate,pH 4.5,
20% trifluoroethanol,
10% D2O
NMR样品组成
1mM SFTI-1 | 20mM sodium phosphate,pH 4.5,
10% D2O
NMR样品组成
1mM SFTI-1 | 20mM sodium phosphate,pH 4.5,
20% trifluoroethanol,
100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1JBN Solution structure of an acyclic permutant of SFTI-1, A trypsin inhibitor from sunflower seeds 提交 2001-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–14（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5；273 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient
NMR测量条件
pH 4.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient
NMR样品组成
1mM 14/1-lSFTI-1 | 20mM sodium phosphate, pH4.5,
20% trifluoroethanol,
10%D2O
NMR样品组成
1mM 14/1-lSFTI-1 | 20mM sodium phosphate, pH4.5,
10%D2O
NMR样品组成
1mM 14/1-lSFTI-1 | 20mM sodium phosphate, pH4.5,
20% trifluoroethanol,
80%D2O
|
分辨率未提供 |
| 1SFI High resolution structure of a potent, cyclic protease inhibitor from sunflower seeds 提交 1998-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
1–14（14 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.204 |
| 2AB9 Discovery, structural determination and processing of the precursor protein that produces the cyclic trypsin inhibitor SFTI-1 提交 2005-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
26–56（31 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）NA；压力 ambient
NMR样品组成
approx 1mM pro-SFTI-1, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
approx 1mM pro-SFTI-1, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3P8F Crystal Structure of MT-SP1 in complex with SFTI-1 提交 2010-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
40–53（14 aa）
片段：UNP RESIDUES 40-53
|
未记录 | GSH Glutathione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；297 K；0.1M Tris.HCl pH 8.0, 22% PEG 8K, 20mM CaCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 4ABI Co-complex structure of bovine trypsin with a modified Bowman-Birk inhibitor (PtA)SFTI-1(1,14), that was 1,4-disubstituted with a 1,2,3- trizol to mimic a trans amide bond 提交 2011-12-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–53（14 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 1 DMF DIMETHYLFORMAMIDE × 3 GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
1.85 M (NH4)2SO4,50 MM TRIS PH 8.5 WITH 60 MG/ML TRYPSIN (SIGMA T1246) IN 0.3 M (NH4)2SO4, 6 MM CACL2, 0.1 M TRIS PH 8.15, 60 MM BENZAMIDINE. TO 10 UL PROTEIN SOL 0.5 UL DIMETHYLFORMAMID WAS ADDED PRIOR CRYSTAL SET UP. CRYSTALS WERE SOAKED WITH PTA-SFTI (ADDED IN LYOPHYLIZED FORM TO THE CRYSTALLIZATION DROP AFTER 2 WEEKS CRYSTAL GROWTH). TOTAL SOAKING TIME 8 DAYS.
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.220 |
| 4ABJ Co-complex structure of bovine trypsin with a modified Bowman-Birk inhibitor (IcA)SFTI-1(1,14), that was 1,5-disubstituted with 1,2,3- trizol to mimic a cis amide bond 提交 2011-12-08 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–53（14 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 1 DMF DIMETHYLFORMAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
2.0 M (NH4)2SO4,50 MM TRIS PH 8.5 WITH 30 MG/ML TRYPSIN (SIDMA T1246) IN 0.3 M (NH4)2SO4, 6 MM CACL2, 0.1 M TRIS PH 8.15, 60 MM BENZAMIDINE) TO 10 UL PROTEIN SOL 0.5 UL DIMETHYLFORMAMID WAS ADDED PRIOR CRYSTAL SET UP CRYSTALS WERE SOAKED WITH ICA-SFTI (ADDED IN LYOPHYLIZED FORM TO THE CRYSTALLIZATION DROP AFTER 2 WEEKS). TOTAL SOAKING TIME 8 DAYS.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.204 |
| 4HGC Crystal structure of bovine trypsin complexed with sfti-1 analog containing a peptoid residue at position p1 提交 2012-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
40–53（14 aa）
片段：unp residues 40-53
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；2.3 M ammonium sulphate, 1 mM benzamidine and 0.1 M Mes, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.157 |
| 4K1E Atomic resolution crystal structures of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with a modified SFTI inhibitor FCQR 提交 2013-04-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–53（14 aa）
|
突变：modified FCQR | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 LI LITHIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 8000 , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.170 |
| 4K8Y Atomic resolution crystal structures of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with Sunflower Trypsin Inhibitor (SFTI-1) 提交 2013-04-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–53（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20%(w/v) PEG 8000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.170 |
| 4KEL Atomic resolution crystal structure of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with a modified SFTI inhibitor FCQR(N) 提交 2013-04-25 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–53（14 aa）
|
突变：modified FCQR(N) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.163 |
| 4XOJ Structure of bovine trypsin in complex with analogues of sunflower inhibitor 1 (SFTI-1) 提交 2015-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
40–52（13 aa）
片段：UNP residues 40-52
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 NH4 AMMONIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；sodium acetate trihydrate, PEG 8000, ammonium sulphate
|
分辨率 0.91 Å R-free 0.114 |
| 6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
40–53（14 aa）
片段：UNP residues 40-53
|
突变：T4Y, I7K | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
40–53（14 aa）
片段：UNP residues 40-53
|
突变：T4Y, I7K | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 6D3Y Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
40–53（14 aa）
片段：UNP residues 40-53
|
突变：I7R | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M 2-ethanesulfonic acid, 0.15 M ammonium sulfate, 13% PEG4000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.213 |
| 6D3Z Protease SFTI complex 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
40–53（14 aa）
片段：UNP residues 40-53
|
突变：T4Y, I7R, D14N | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium formate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.203 |
| 6D40 Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
40–53（14 aa）
片段：UNP residues 40-53
|
突变：T4Y | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG4000, 0.1 M MES, 0.15 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.210 |
| 6U7Q NMR solution structure of SFTI-R10 提交 2019-09-03 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
40–53（14 aa）
|
突变：I10R | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR样品组成
1.5 mM SFTI-R10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6U7R NMR solution structure of SFTI1 based KLK7 protease inhibitor 提交 2019-09-03 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
40–53（14 aa）
|
突变：R2K, T4L, K5N, I7N, D14N | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR样品组成
1.5 mM SFTI-KLK7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6U7S NMR solution structure of SFTI-1 based plasmin inhibitor 提交 2019-09-03 | 突变/修饰不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
40–53（14 aa）
|
突变：T4Y, I7K | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR测量条件
pH 3.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）TFA；压力 Ambient
NMR样品组成
1.5 mM SFTI-YKK, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
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| UniProt名称 | SFTI1_HELAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–14； UniProt 40–53 |
