1tae

Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase, NAD-dependent

Enterococcus faecalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 6 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 7 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 5 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 6 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 13 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 11 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q837V6_ENTFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tae
沉积日期 deposition_date	2004-05-19
结构标题 title	Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal
关键词 keywords	Nucleotidyl transferase fold, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tae__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tae__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tae__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.64 Å
Rg（电子密度）	19.82 Å
总 Rg	20.74 Å
原子数	2644
残基数	321
排除体积	46599 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tae__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tae__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1tae__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1tae__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1tae__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1tae__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA ligase, NAD-dependent
分子量 formula_weight	38032.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10774

MEQQPLTLTAATTRAQELRKQLNQYSHEYYVKDQPSVEDYVYDRLYKELVDIETEFPDLITPDSPTQRVGGKVLSGFEKAPHDIPMYSLNDGFSKEDIFAFDERVRKAIGKPVAYCCELKIDGLAISLRYENGVFVRGATRGDGTVGENITENLRTVRSVPMRLTEPISVEVRGECYMPKQSFVALNEEREENGQDIFANPRNAAAGSLRQLDTKIVAKRNLNTFLYTVADFGPMKAKTQFEALEELSAIGFRTNPERQLCQSIDEVWAYIEEYHEKRSTLPYEIDGIVIKVNEFALQDELGFTVKAPRWAIAYKFPPEEAETVLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226185
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1taea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.2 — Adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligase

结构域编号 domain_id	d1taeb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.2 — Adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligase

结构域编号 domain_id	d1taec_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.2 — Adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligase

结构域编号 domain_id	d1taed_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.2 — Adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1taeA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1taeA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1taeA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	1taeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1taeB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1taeB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	1taeC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1taeC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1taeC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	1taeD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1taeD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1taeD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

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晶胞边长 a length_a	62.296 Å
晶胞边长 b length_b	135.179 Å
晶胞边长 c length_c	115.797 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	24.770 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2630

Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase, NAD-dependent

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tae__assembly_3__model_1

1tae__assembly_3__model_1 | I(q)

1tae__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)

Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase, NAD-dependent

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tae__assembly_3__model_1

1tae__assembly_3__model_1 | I(q)

1tae__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)