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1tah

THE CRYSTAL STRUCTURE OF TRIACYLGLYCEROL LIPASE FROM PSEUDOMONAS GLUMAE REVEALS A PARTIALLY REDUNDANT CATALYTIC ASPARTATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPASE

Burkholderia glumae

UniProt Q05489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 41–358 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.226
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 41–358 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.226
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 41–358 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.226
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 41–358 未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TAH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CVL CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL LIPASE FROM CHROMOBACTERIUM VISCOSUM ATCC 6918 提交 1997-01-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–358（319 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10-14 % PEG 4000, 10-14 % MPD, 100 MM CITRATE/PHOSPHATE BUFFER, PH 6.4
分辨率 1.60 Å
1QGE NEW CRYSTAL FORM OF PSEUDOMONAS GLUMAE (FORMERLY CHROMOBACTERIUM VISCOSUM ATCC 6918) LIPASE 提交 1999-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 40–261（222 aa）
链 E 262–358（97 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10 % PEG 6000, 5 % PEG 1000, 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.8
分辨率 1.70 Å R-free 0.228
2ES4 Crystal structure of the Burkholderia glumae lipase-specific foldase in complex with its cognate lipase 提交 2005-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–358（319 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；20 % PEG3350, 0.2 M KI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.219
2ES4 Crystal structure of the Burkholderia glumae lipase-specific foldase in complex with its cognate lipase 提交 2005-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–358（319 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；20 % PEG3350, 0.2 M KI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.219
2ES4 Crystal structure of the Burkholderia glumae lipase-specific foldase in complex with its cognate lipase 提交 2005-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 40–358（319 aa）
链 B 40–358（319 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 IOD IODIDE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；20 % PEG3350, 0.2 M KI, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.219

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIP_BURGL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–318； UniProt 41–358 作者链 B； PDB构建体 1–318； UniProt 41–358 作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 41–358 作者链 D； PDB构建体 1–318； UniProt 41–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tah

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tah
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tah
沉积日期 deposition_date1993-12-21
结构标题 titleTHE CRYSTAL STRUCTURE OF TRIACYLGLYCEROL LIPASE FROM PSEUDOMONAS GLUMAE REVEALS A PARTIALLY REDUNDANT CATALYTIC ASPARTATE
关键词 keywordsHYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE); HYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.22 Å
零角强度 I(0) i0280208000.00
分子量 molecular_weight132220.0 kDa
排除体积 excluded_volume164230 ų
包络体积 envelope_volume205950 ų
水化壳体积 shell_volume48101 ų
包络直径 envelope_diameter120.6 Å
壳层 Rg shell_rg42.19 Å
包络 Rg envelope_rg34.86 Å
形状 Rg shape_rg35.21 Å
总 Rg total_rg35.70 Å
总原子数 total_atoms9320
残基数 n_residues1272
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.4 Å
Rg (实空间) rg_real35.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal280200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.1 Å
偏度 Skewness skewness0.163
峰度 Kurtosis kurtosis-0.572
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha139800000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.874
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1taha_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.18 — Bacterial lipase
结构域编号 domain_idd1tahb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.18 — Bacterial lipase
结构域编号 domain_idd1tahc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.18 — Bacterial lipase
结构域编号 domain_idd1tahd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.18 — Bacterial lipase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1tahA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1tahB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1tahC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1tahD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)