1tez

COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I

Synechococcus elongatus PCC 6301

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(APTPCPGPGPCPT(TCP)PCPGPC)-3' × 1 5'-D(PCPGPAPAPGPCPCPGPA)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(APTPCPGPGPCPT(TCP)PCPGPC)-3' × 1 5'-D(PCPGPAPAPGPCPCPGPA)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPGPC)-3' × 1 5'-D(PGPCPCPGP*A)-3' × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE × 1 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(TPCPGPC)-3' × 1 5'-D(PGPCPCPGP*A)-3' × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31S25_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–474； UniProt 2–475 作者链 B； PDB构建体 1–474； UniProt 2–475 作者链 C； PDB构建体 1–474； UniProt 2–475 作者链 D； PDB构建体 1–474； UniProt 2–475

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tez
沉积日期 deposition_date	2004-05-26
结构标题 title	COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS
关键词 keywords	PHOTOLYASE; DNA REPAIR; LIGHT-DRIVEN ELECTRON TRANSFER, LYASE-DNA COMPLEX; LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tez__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tez__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tez__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.53 Å
Rg（电子密度）	23.68 Å
总 Rg	24.60 Å
原子数	4032
残基数	483
排除体积	70532 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tez__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tez__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1tez__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1tez__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APTPCPGPGPCPT(TCP)PCPGP*C)-3'
分子量 formula_weight	3259.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K
原子数 atom_count	18206

ATCGGCTTCGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PCPGPAPAPGPCPCPGP*A)-3'
分子量 formula_weight	2749.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,L

CGAAGCCGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	1166.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,O

TCGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(PGPCPCPGP*A)-3'
分子量 formula_weight	1505.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N,P

GCCGA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I
分子量 formula_weight	53474.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

AAPILFWHRRDLRLSDNIGLAAARAQSAQLIGLFCLDPQILQSADMAPARVAYLQGCLQELQQRYQQAGSRLLLLQGDPQHLIPQLAQQLQAEAVYWNQDIEPYGRDRDGQVAAALKTAGIRAVQLWDQLLHSPDQILSGSGNPYSVYGPFWKNWQAQPKPTPVATPTELVDLSPEQLTAIAPLLLSELPTLKQLGFDWDGGFPVEPGETAAIARLQEFCDRAIADYDPQRNFPAEAGTSGLSPALKFGAIGIRQAWQAASAAHALSRSDEARNSIRVWQQELAWREFYQHALYHFPSLADGPYRSLWQQFPWENREALFTAWTQAQTGYPIVDAAMRQLTETGWMHNRCRMIVASFLTKDLIIDWRRGEQFFMQHLVDGDLAANNGGWQWSASSGMDPKPLRIFNPASQAKKFDATATYIKRWLPELRHVHPKDLISGEITPIERRGYPAPIVNHNLRQKQFKALYNQLKAAI

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 6301
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL)-5-DEAZAISOALLOXAZINE
分子量 formula_weight	363.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1614

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1teza1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain

结构域编号 domain_id	d1teza2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tezb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain

结构域编号 domain_id	d1tezb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tezc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain

结构域编号 domain_id	d1tezc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tezd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain

结构域编号 domain_id	d1tezd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1tezA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1tezA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1tezA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1tezB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1tezB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1tezB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1tezC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1tezC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1tezC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	1tezD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1tezD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1tezD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	173.815 Å
晶胞边长 b length_b	88.505 Å
晶胞边长 c length_c	161.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.920 Å
R 因子 r_factor	0.2051
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2260

COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tez__assembly_3__model_1

1tez__assembly_3__model_1 | I(q)

1tez__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tez__assembly_3__model_1

1tez__assembly_3__model_1 | I(q)

1tez__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)