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1tf9

Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with P-Iodo-L-Phenylalanine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminopeptidase

物种未注明

UniProt P80561

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–284 未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PHI IODO-PHENYLALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.30 Å R-free 0.172

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TF9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CP7 AMINOPEPTIDASE FROM STREPTOMYCES GRISEUS 提交 1999-06-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 4K, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.171
1F2O CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH L-LEUCINE 提交 2000-05-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 LEU LEUCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG4000, Ammunium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.175
1F2P CRYSTAL STRUCTURE OF THE STREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH L-PHENYLALANINE 提交 2000-05-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG4000, Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1QQ9 STREPTOMYCES GRISEUS AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH METHIONINE 提交 1999-06-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 MET METHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 4000, AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.53 Å R-free 0.173
1TF8 Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with L-tryptophan 提交 2004-05-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.30 Å R-free 0.174
1TKF Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with D-tryptophan 提交 2004-06-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 DTR D-TRYPTOPHAN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.168
1TKH Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with D-Phenylalanine 提交 2004-06-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 DPN D-PHENYLALANINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.25 Å R-free 0.156
1TKJ Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with D-Methionine 提交 2004-06-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 MED D-METHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.15 Å R-free 0.151
1XBU Streptomyces griseus aminopeptidase complexed with p-iodo-D-phenylalanine 提交 2004-08-31 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–277（277 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 IOY P-IODO-D-PHENYLALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.167
1XJO STRUCTURE OF AMINOPEPTIDASE 提交 1996-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 4K, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.5
分辨率 1.75 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APX_STRGR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tf9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tf9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tf9
沉积日期 deposition_date2004-05-27
结构标题 titleStreptomyces griseus aminopeptidase complexed with P-Iodo-L-Phenylalanine
关键词 keywordsDOUBLE-ZINC METALLOPROTEINASE, CALCIUM ACTIVATION, PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.91 Å
零角强度 I(0) i016203500.00
分子量 molecular_weight29352.0 kDa
排除体积 excluded_volume36108 ų
包络体积 envelope_volume38692 ų
水化壳体积 shell_volume18633 ų
包络直径 envelope_diameter55.4 Å
壳层 Rg shell_rg23.64 Å
包络 Rg envelope_rg17.23 Å
形状 Rg shape_rg16.90 Å
总 Rg total_rg17.84 Å
总原子数 total_atoms2059
残基数 n_residues275
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.3 Å
Rg (实空间) rg_real17.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.8 Å
偏度 Skewness skewness0.127
峰度 Kurtosis kurtosis-0.447
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4328000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1tf9a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.4 — Bacterial dinuclear zinc exopeptidases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1tf9A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)