SAXSdb — 1tfz

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 (1-TERT-BUTYL-5-HYDROXY-1H-PYRAZOL-4-YL)[6-(METHYLSULFONYL)-4'-METHOXY-2-METHYL-1,1'-BIPHENYL-3-YL]METHANONE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HPPD_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–424； UniProt 23–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tfz
沉积日期 deposition_date	2004-05-27
结构标题 title	Structural basis for herbicidal inhibitor selectivity revealed by comparison of crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases
关键词 keywords	Arabidopsis thaliana, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, atHPPD, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tfz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tfz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.93 Å
Rg（电子密度）	26.88 Å
总 Rg	27.79 Å
原子数	5696
残基数	728
排除体积	101240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tfz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
分子量 formula_weight	46783.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3057

MGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHIEFWCGDATNVARRFSWGLGMRFSAKSDLSTGNMVHASYLLTSGDLRFLFTAPYSPSLSAGEIKPTTTASIPSFDHGSCRSFFSSHGLGVRAVAIEVEDAESAFSISVANGAIPSSPPIVLNEAVTIAEVKLYGDVVLRYVSYKAEDTEKSEFLPGFERVEDASSFPLDYGIRRLDHAVGNVPELGPALTYVAGFTGFHQFAEFTADDVGTAESGLNSAVLASNDEMVLLPINEPVHGTKRKSQIQTYLEHNEGAGLQHLALMSEDIFRTLREMRKRSSIGGFDFMPSPPPTYYQNLKKRVGDVLSDDQIKECEELGILVDRDDQGTLLQIFTKPLGDRPTIFIEIIQRVGCMMKDEEGKAYQSGGCGGFGKGNFSELFKSIEEYEKTLEAKQLVG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(1-TERT-BUTYL-5-HYDROXY-1H-PYRAZOL-4-YL)[6-(METHYLSULFONYL)-4'-METHOXY-2-METHYL-1,1'-BIPHENYL-3-YL]METHANONE
分子量 formula_weight	442.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1tfza1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.3 — Extradiol dioxygenases

结构域编号 domain_id	d1tfza2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.3 — Extradiol dioxygenases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1tfzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	1tfzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	77.400 Å
晶胞边长 b length_b	83.700 Å
晶胞边长 c length_c	63.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2890

Structural basis for herbicidal inhibitor selectivity revealed by comparison of crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tfz__assembly_1__model_1

1tfz__assembly_1__model_1 | I(q)

1tfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural basis for herbicidal inhibitor selectivity revealed by comparison of crystal structures of plant and mammalian 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenases

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tfz__assembly_1__model_1

1tfz__assembly_1__model_1 | I(q)

1tfz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)