SAXSdb — 1trh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPASE

Candida rugosa

UniProt P20261

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–549	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TRH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CRL INSIGHTS INTO INTERFACIAL ACTIVATION FROM AN 'OPEN' STRUCTURE OF CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1993-03-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–549（534 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.06 Å
1LPM A STRUCTURAL BASIS FOR THE CHIRAL PREFERENCES OF LIPASES 提交 1995-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 MPA (1R)-MENTHYL HEXYL PHOSPHONATE GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPN ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 DSC DODECANESULFONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPN ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 DSC DODECANESULFONATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPO ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPP ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPP ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
1LPS A STRUCTURAL BASIS FOR THE CHIRAL PREFERENCES OF LIPASES 提交 1995-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–549（549 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 MPC (1S)-MENTHYL HEXYL PHOSPHONATE GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.18 Å
3RAR X-ray structure of a bound phosphonate transition state analog and enantioselectivity of Candida rugosa lipase toward chiral carboxylic acids 提交 2011-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–549（534 aa）片段：unp residues 16-549	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 IAN methyl hydrogen (R)-[(R)-methoxy(phenyl)methyl]phosphonate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM sodium acetate buffer and 30 mM CaCl2., pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.19 Å R-free 0.211
3RAR X-ray structure of a bound phosphonate transition state analog and enantioselectivity of Candida rugosa lipase toward chiral carboxylic acids 提交 2011-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–549（534 aa）片段：unp residues 16-549	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 IAN methyl hydrogen (R)-[(R)-methoxy(phenyl)methyl]phosphonate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM sodium acetate buffer and 30 mM CaCl2., pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.19 Å R-free 0.211

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIP1_CANRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–534； UniProt 16–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1trh
沉积日期 deposition_date	1993-11-18
结构标题 title	TWO CONFORMATIONAL STATES OF CANDIDA RUGOSA LIPASE
关键词 keywords	HYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE); HYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.97 Å
零角强度 I(0) i0	53684300.00
分子量 molecular_weight	57486.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71883 Å³
包络体积 envelope_volume	79686 Å³
水化壳体积 shell_volume	29155 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.00 Å
包络 Rg envelope_rg	22.11 Å
形状 Rg shape_rg	21.93 Å
总 Rg total_rg	22.92 Å
总原子数 total_atoms	4050
残基数 n_residues	534
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LIPASE
分子量 formula_weight	57133.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4351

APTATLANGDTITGLNAIINEAFLGIPFAEPPVGNLRFKDPVPYSGSLDGQKFTSYGPSCMQQNPEGTYEENLPKAALDLVMQSKVFEAVSPSSEDCLTINVVRPPGTKAGANLPVMLWIFGGGFEVGGTSTFPPAQMITKSIAMGKPIIHVSVNYRVSSWGFLAGDEIKAEGSANAGLKDQRLGMQWVADNIAAFGGDPTKVTIFGESAGSMSVMCHILWNDGDNTYKGKPLFRAGIMQSGAMVPSDAVDGIYGNEIFDLLASNAGCGSASDKLACLRGVSSDTLEDATNNTPGFLAYSSLRLSYLPRPDGVNITDDMYALVREGKYANIPVIIGDQNDEGTFFGTSSLNVTTDAQAREYFKQSFVHASDAEIDTLMTAYPGDITQGSPFDTGILNALTPQFKRISAVLGDLGFTLARRYFLNHYTGGTKYSFLSKQLSGLPVLGTFHSNDIVFQDYLLGSGSLIYNNAFIAFATDLDPNTAGLLVKWPEYTSSSQSGNNLMMINALGLYTGKDNFRTAGYDALFSNPPSFFV

来源 Source

来源生物 organism	Candida rugosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5481

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1trha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1trhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	105.000 Å
晶胞边长 b length_b	106.700 Å
晶胞边长 c length_c	59.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1480
R_work r_work	0.1480
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/tr/1trh/1trh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tr/1trh/1trh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tr/1trh/1trh.dat

TWO CONFORMATIONAL STATES OF CANDIDA RUGOSA LIPASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution