1tue

The X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex with its Molecular Matchmaker E2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

Human papillomavirus type 18

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Regulatory protein E2 × 1 （Q80B71） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VE1_HPV18
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631 作者链 D； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631 作者链 F； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631 作者链 H； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631 作者链 K； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631 作者链 M； PDB构建体 9–212； UniProt 428–631

Regulatory protein E2

Human papillomavirus type 18

UniProt Q80B71

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Replication protein E1 × 1 （P06789） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q80B71_HPV18
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215 作者链 E； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215 作者链 G； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215 作者链 J； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215 作者链 L； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215 作者链 Q； PDB构建体 4–218； UniProt 1–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tue
沉积日期 deposition_date	2004-06-24
结构标题 title	The X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex with its Molecular Matchmaker E2
关键词 keywords	Human papillomavirus, helicase, replication, E1E2 complex, AAA+ protein; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tue__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tue__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tue__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.69 Å
Rg（电子密度）	22.38 Å
总 Rg	23.31 Å
原子数	3168
残基数	385
排除体积	56142 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tue__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tue__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1tue__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1tue__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1tue__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1tue__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication protein E1
分子量 formula_weight	24617.1 kDa
突变 mutation	C14A,V15L,R90A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,H,K,M
原子数 atom_count	20186

GSEFGSGSNMSQWIRFRCSKIDEGGDWRPIVQFLRYQQIEFITFLGALKSFLKGTPKKNCLVFCGPANTGKSYFGMSFIHFIQGAVISFVNSTSHFWLEPLTDTKVAMLDDATTTCWTYFDTYMRNALDGNPISIDRKHKPLIQLKCPPILLTTNIHPAKDNRWPYLESRITVFEFPNAFPFDKNGNPVYEINDKNWKCFFERTWSRLDLHE

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus type 18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Regulatory protein E2
分子量 formula_weight	25085.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,L,Q

GSHMQTPKETLSERLSALQDKIIDHYENDSKDIDSQIQYWQLIRWENAIFFAAREHGIQTLNHQVVPAYNISKSKAHKAIELQMALQGLAQSAYKTEDWTLQDTCEELWNTEPTHCFKKGGQTVQVYFDGNKDNCMTYVAWDSVYYMTDAGTWDKTATCVSHRGLYYVKEGYNTFYIEFKSECEKYGNTGTWEVHFGNNVIDCNDSMCSTSDDTVSAT

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus type 18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	969

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1tuea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tuea2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1tueb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

结构域编号 domain_id	d1tueb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1tued_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tuee_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

结构域编号 domain_id	d1tuef_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tueg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

结构域编号 domain_id	d1tueh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tuej_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

结构域编号 domain_id	d1tuek_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tuel_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

结构域编号 domain_id	d1tuem_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1tueq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.91 — E2 regulatory, transactivation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.91.1 — E2 regulatory, transactivation domain
家族 Family family	b.91.1.1 — E2 regulatory, transactivation domain

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	1tueA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

结构域编号 domain_id	1tueD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

结构域编号 domain_id	1tueF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

结构域编号 domain_id	1tueH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

结构域编号 domain_id	1tueK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

结构域编号 domain_id	1tueM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tueQ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1

结构域编号 domain_id	1tueQ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	200 — Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Papillomavirus E2 early protein domain

▶

晶胞边长 a length_a	82.297 Å
晶胞边长 b length_b	88.745 Å
晶胞边长 c length_c	375.027 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2188
R_free r_free	0.2625

The X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex with its Molecular Matchmaker E2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Regulatory protein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tue__assembly_5__model_1

1tue__assembly_5__model_1 | I(q)

1tue__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

The X-ray Structure of the Papillomavirus Helicase in Complex with its Molecular Matchmaker E2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Regulatory protein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tue__assembly_5__model_1

1tue__assembly_5__model_1 | I(q)

1tue__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)