1tx9

gpd prior to capsid assembly

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Scaffolding protein D

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03637

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGD_BPPHX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–151; UniProt 1–151 作者链 B; PDB构建体 1–151; UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tx9
沉积日期 deposition_date2004-06-24
结构标题 titlegpd prior to capsid assembly
关键词 keywordsscaffolding protein, phiX174, assembly, conformational switching, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tx9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tx9__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tx9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.90 Å
Rg(电子密度)18.82 Å
总 Rg19.74 Å
原子数2125
残基数271
排除体积37961 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1tx9__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1tx9a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamilya.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family familya.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1tx9A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Scaffold protein D
结构域编号 domain_id1tx9B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Scaffold protein D
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7. 引用文献 (1)