← 返回搜索
1txu

Crystal Structure of the Vps9 Domain of Rabex-5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.0 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rab5 GDP/GTP exchange factor

Homo sapiens

UniProt Q9UJ41

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 133–394 片段：VPS9 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 8000, MgCl, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 2.35 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TXU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2OT3 Crystal structure of rabex-5 VPS9 domain in complex with nucleotide free RAB21 提交 2007-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 132–397（266 aa） 片段：residues 132-297
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；10% PEG 6000, 0.2M MgCl2, 0.05 NaMES Microseeded, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.243
4N3X Crystal structure of Rabex-5 CC domain 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 626–672（47 aa） 片段：Rabex-5 CC domain, UNP residues 626-672
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；289 K；0.10M NaAc, 17.5% MPD, 2% PEG4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
4N3X Crystal structure of Rabex-5 CC domain 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 626–672（47 aa） 片段：Rabex-5 CC domain, UNP residues 626-672
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；289 K；0.10M NaAc, 17.5% MPD, 2% PEG4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
4N3X Crystal structure of Rabex-5 CC domain 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 626–672（47 aa） 片段：Rabex-5 CC domain, UNP residues 626-672
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；289 K；0.10M NaAc, 17.5% MPD, 2% PEG4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
4N3X Crystal structure of Rabex-5 CC domain 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 626–672（47 aa） 片段：Rabex-5 CC domain, UNP residues 626-672
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；289 K；0.10M NaAc, 17.5% MPD, 2% PEG4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
4N3Y Crystal structure of Rabex-5CC and Rabaptin-5C21 complex 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 630–672（43 aa） 片段：UNP residues 630-672
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15M MgAc2, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
4N3Z Crystal structure of Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 132–455（324 aa） 片段：UNP residues, isoform 2, 132-455
突变：residues 387-408 deletion mutant PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；2.0M NaH2PO4/K2HPO4, 0.05% n-octyl-beta-D-galactopyranoside, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.10 Å R-free 0.315
4Q9U Crystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex 提交 2014-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 132–455（324 aa） 片段：UNP residues 132-455
链 E 132–455（324 aa） 片段：UNP residues 132-455
突变：393-407 deletion mutant 突变：393-407 deletion mutant 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5；289 K；1.0M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.0, hanging drop, temperature 289K
分辨率 4.62 Å R-free 0.343

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RABX5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 12–273； UniProt 133–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1txu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1txu
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1txu
沉积日期 deposition_date2004-07-06
结构标题 titleCrystal Structure of the Vps9 Domain of Rabex-5
关键词 keywordsVPS9 DOMAIN, RAB5 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR, GEF, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.42 Å
零角强度 I(0) i016428100.00
分子量 molecular_weight30148.0 kDa
排除体积 excluded_volume37409 ų
包络体积 envelope_volume45628 ų
水化壳体积 shell_volume18690 ų
包络直径 envelope_diameter80.6 Å
壳层 Rg shell_rg27.22 Å
包络 Rg envelope_rg21.90 Å
形状 Rg shape_rg21.44 Å
总 Rg total_rg22.13 Å
总原子数 total_atoms2081
残基数 n_residues245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.0 Å
Rg (实空间) rg_real22.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16430000.0000
解质量估计 total_estimate0.6014
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.0 Å
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.207
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3396000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.806; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1txua_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.222 — VPS9 domain
超家族 Superfamily superfamilya.222.1 — VPS9 domain
家族 Family familya.222.1.1 — VPS9 domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1txuA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
结构域编号 domain_id1txuA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — VPS9 domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)