SAXSdb — 1ty4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator ced-9

Caenorhabditis elegans

UniProt P41958

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator × 2 （O61667） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator × 1 （O61667） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator × 1 （O61667） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CED9_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 68–237 作者链 B； PDB构建体 1–170； UniProt 68–237

EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator

Caenorhabditis elegans

UniProt O61667

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Apoptosis regulator ced-9 × 2 （P41958） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Apoptosis regulator ced-9 × 1 （P41958） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Apoptosis regulator ced-9 × 1 （P41958） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EGL1_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–57； UniProt 46–102 作者链 D； PDB构建体 1–57； UniProt 46–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ty4
沉积日期 deposition_date	2004-07-07
结构标题 title	Crystal structure of a CED-9/EGL-1 complex
关键词 keywords	Apoptosis, CED-9, EGL-1, Bcl-2 family proteins, recognition; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ty4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ty4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ty4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.76 Å
Rg（电子密度）	24.38 Å
总 Rg	24.92 Å
原子数	3069
残基数	362
排除体积	54556 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ty4__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ty4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ty4__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Apoptosis regulator ced-9
分子量 formula_weight	20315.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3136

GKINDWEEPRLDIEGFVVDYFTHRIRQNGMEWFGAPGLPCGVQPEHEMMRVMGTIFEKKHAENFETFCEQLLAVPRISFSPYQDVVRTVGNAQTDQCPMSYGRLIGLISFGGFVAAKMMESVELQGQVRNLFVYTSLFIKTRIRNNWKEHNRSWDDFMTLGKQMKEDYER

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator
分子量 formula_weight	6450.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

DSSQFADDSGFFDDSEISSIGYEIGSKLAAMCDDFDAQMMSYSAHASDRSLFHRLLD

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ty4a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

结构域编号 domain_id	d1ty4b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ty4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

结构域编号 domain_id	1ty4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

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晶胞边长 a length_a	93.713 Å
晶胞边长 b length_b	93.713 Å
晶胞边长 c length_c	57.447 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2350

Crystal structure of a CED-9/EGL-1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator ced-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ty4__assembly_1__model_1

1ty4__assembly_1__model_1 | I(q)

1ty4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a CED-9/EGL-1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apoptosis regulator ced-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ty4__assembly_1__model_1

1ty4__assembly_1__model_1 | I(q)

1ty4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)