SAXSdb — 1u2m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-like protein HLP-1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–161 链 B； UniProt 21–161 链 C； UniProt 21–161	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 350 monomethy ether, ammonium dihydrogen phosphate, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U2M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SG2 Crystal structure of the periplasmic chaperone Skp 提交 2004-02-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–161（141 aa）链 B 21–161（141 aa）链 C 21–161（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；34.5% (v/v) ethanol, 7% (w/v) polyethylene glycol 1000, 50 mM Na-phosphate, 50 mM Na-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.279

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–143； UniProt 21–161 作者链 B； PDB构建体 3–143； UniProt 21–161 作者链 C； PDB构建体 3–143； UniProt 21–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u2m
沉积日期 deposition_date	2004-07-19
结构标题 title	Crystal Structure of Skp
关键词 keywords	coiled coil, chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.14 Å
零角强度 I(0) i0	27418900.00
分子量 molecular_weight	37845.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46379 Å³
包络体积 envelope_volume	70298 Å³
水化壳体积 shell_volume	22694 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.67 Å
包络 Rg envelope_rg	26.38 Å
形状 Rg shape_rg	27.04 Å
总 Rg total_rg	28.07 Å
总原子数 total_atoms	2615
残基数 n_residues	335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1709000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.847

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1u2ma1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.48 — OmpH-like
超家族 Superfamily superfamily	f.48.1 — OmpH-like
家族 Family family	f.48.1.1 — OmpH-like

结构域编号 domain_id	d1u2ma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1u2mb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.48 — OmpH-like
超家族 Superfamily superfamily	f.48.1 — OmpH-like
家族 Family family	f.48.1.1 — OmpH-like

结构域编号 domain_id	d1u2mc1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.48 — OmpH-like
超家族 Superfamily superfamily	f.48.1 — OmpH-like
家族 Family family	f.48.1.1 — OmpH-like

结构域编号 domain_id	d1u2mc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1u2mA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Skp domain

结构域编号 domain_id	1u2mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Skp domain

结构域编号 domain_id	1u2mC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	910 — Protein Binding, DinI Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Skp domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.828 Å
晶胞边长 b length_b	84.190 Å
晶胞边长 c length_c	160.181 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	58.030 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2590

描述 description	Histone-like protein HLP-1
分子量 formula_weight	16185.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2662

Crystal Structure of Skp

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-like protein HLP-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

fit	/app/data/saxs_computation/u2/1u2m/1u2m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/1u2m/1u2m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/1u2m/1u2m.dat