1u2v

Crystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-Related Protein 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Actin-Related Protein 2 × 1 Arp2/3 Complex 41Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 34Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 21Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 20Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 16kDa Subunit × 1 CALCIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 7	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Actin-Related Protein 2 × 1 Arp2/3 Complex 41Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 34Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 21Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 20Kda Subunit × 1 Arp2/3 Complex 16kDa Subunit × 1 CALCIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP3_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–418； UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u2v
沉积日期 deposition_date	2004-07-20
结构标题 title	Crystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium
关键词 keywords	STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1u2v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1u2v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1u2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.81 Å
Rg（电子密度）	43.43 Å
总 Rg	43.65 Å
原子数	13608
残基数	1714
排除体积	242800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1u2v__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1u2v__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin-Related Protein 3
分子量 formula_weight	47428.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13922

MAGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKESAKVGDQAQRRVMKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSGGRLKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFGVMS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-Related Protein 2
分子量 formula_weight	44818.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDSQGRKVVVCDNGTGFVKCGYAGSNFPEHIFPALVGRPIIRSTTKVGNIEIKDLMVGDEASELRSMLEVNYPMENGIVRNWDDMKHLWDYTFGPEKLNIDTRNCKILLTEPPMNPTKNREKIVEVMFETYQFSGVYVAIQAVLTLYAQGLLTGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKHMVFLGGAVLADIMKDKDNFWMTRQEYQEKGVRVLEKLGVTVR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Arp2/3 Complex 41Kda Subunit
分子量 formula_weight	41016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAYHSFLVEPISCHAWNKDRTQIAICPNNHEVHIYEKSGNKWVQVHELKEHNGQVTGVDWAPDSNRIVTCGTDRNAYVWTLKGRTWKPTLVILRINRAARCVRWAPNEKKFAVGSGSRVISICYFEQENDWWVCKHIKKPIRSTVLSLDWHPNSVLLAAGSCDFKCRIFSAYIKEVEERPAPTPWGSKMPFGELMFESSSSCGWVHGVCFSANGSRVAWVSHDSTVCLADADKKMAVATLASETLPLLAVTFITESSLVAAGHDCFPVLFTYDSAAGKLSFGGRLDVPKQSSQRGLTARERFQNLDKKASSEGSAAAGAGLDSLHKNSVSQISVLSGGKAKCSQFCTTGMDGGMSIWDVRSLESALKDLKIV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Arp2/3 Complex 34Kda Subunit
分子量 formula_weight	34402.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MILLEVNNRIIEETLALKFENAAAGNKPEAVEVTFADFDGVLYHISNPNGDKTKVMVSISLKFYKELQAHGADELLKRVYGSYLVNPESGYNVSLLYDLENLPASKDSIVHQAGMLKRNCFASVFEKYFQFQEEGKEGENRAVIHYRDDETMYVESKKDRVTVVFSTVFKDDDDVVIGKVFMQEFKEGRRASHTAPQVLFSHREPPLELKDTDAAVGDNIGYITFVLFPRHTNASARDNTINLIHTFRDYLHYHIKCSKAYIHTRMRAKTSDFLKVLNRARPDAEKKEMKTITGKTFSSR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Arp2/3 Complex 21Kda Subunit
分子量 formula_weight	20572.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MPAYHSSLMDPDTKLIGNMALLPIRSQFKGPAPRETKDTDIVDEAIYYFKANVFFKNYEIKNEADRTLIYITLYISECLKKLQKCNSKSQGEKEMYTLGITNFPIPGEPGFPLNAIYAKPANKQEDEVMRAYLQQLRQETGLRLCEKVFDPQNDKPSKWWTCFVKRQFMNKSLSGPGQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Arp2/3 Complex 20Kda Subunit
分子量 formula_weight	19697.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTATLRPYLSAVRATLQAALCLENFSSQVVERHNKPEVEVRSSKELLLQPVTISRNEKEKVLIEGSINSVRVSIAVKQADEIEKILCHKFMRFMMMRAENFFILRRKPVEGYDISFLITNFHTEQMYKHKLVDFVIHFMEEIDKEISEMKLSVNARARIVAEEFLKNF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Arp2/3 Complex 16kDa Subunit
分子量 formula_weight	16295.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSKNTVSSARFRKVDVDEYDENKFVDEDDGGDGQAGPDEGEVDSCLRQGNMTAALQAALKNPPINTKSQAVKDRAGSIVLKVLISFKANDIEKAVQSLDKNGVDLLMKYIYKGFESPSDNSSAVLLQWHEKALAAGGVGSIVRVLTARKTV

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	314

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1u2va1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d1u2va2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d1u2vb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d1u2vc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family family	b.69.4.1 — WD40-repeat

结构域编号 domain_id	d1u2vd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family family	d.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits

结构域编号 domain_id	d1u2vd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family family	d.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits

结构域编号 domain_id	d1u2ve_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.148 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
超家族 Superfamily superfamily	a.148.1 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
家族 Family family	a.148.1.1 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3

结构域编号 domain_id	d1u2vf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.2 — Arp2/3 complex subunits
家族 Family family	d.198.2.1 — Arp2/3 complex subunits

结构域编号 domain_id	d1u2vg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.13 — Arp2/3 complex 16 kDa subunit ARPC5
家族 Family family	a.118.13.1 — Arp2/3 complex 16 kDa subunit ARPC5

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1u2vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1u2vA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Actin; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	1u2vA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1u2vA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	1u2vB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1u2vB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	1u2vC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	1u2vD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1u2vD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1u2vE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1760 — Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

结构域编号 domain_id	1u2vF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1u2vG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

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晶胞边长 a length_a	111.300 Å
晶胞边长 b length_b	129.300 Å
晶胞边长 c length_c	204.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2580

Crystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-Related Protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1u2v__assembly_1__model_1

1u2v__assembly_1__model_1 | I(q)

1u2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-Related Protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1u2v__assembly_1__model_1

1u2v__assembly_1__model_1 | I(q)

1u2v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)