SAXSdb — 1u5o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear transport factor 2

Rattus norvegicus

UniProt P61972

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–127 链 B； UniProt 1–127	突变：D23A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U5O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AR0 NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) E42K MUTANT 提交 1997-08-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	突变：E42K 突变：E42K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
1ASK NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) H66A MUTANT 提交 1997-08-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	突变：H66A 突变：H66A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
1JB2 CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M84E MUTANT 提交 2001-06-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	突变：M84E 突变：M84E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1JB4 CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M102E MUTANT 提交 2001-06-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	突变：M102E 突变：M102E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.23 Å R-free 0.241
1JB5 CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M118E MUTANT 提交 2001-06-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	突变：M118E 突变：M118E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；PEG, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1OUN CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) 提交 1996-02-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
5BXQ Structure of the NTF2:RanGDP complex 提交 2015-06-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–127（127 aa）链 B 1–127（127 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Li2SO4, 50 mM Na Citrate pH5.6, 15% PEG4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.225

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTF2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u5o
沉积日期 deposition_date	2004-07-28
结构标题 title	Structure of the D23A mutant of the nuclear transport carrier NTF2
关键词 keywords	transport, nuclear transport protein, NTF2 mutant D23A, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.79 Å
零角强度 I(0) i0	13814500.00
分子量 molecular_weight	28016.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35101 Å³
包络体积 envelope_volume	40775 Å³
水化壳体积 shell_volume	18892 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.34 Å
包络 Rg envelope_rg	18.21 Å
形状 Rg shape_rg	17.81 Å
总 Rg total_rg	18.76 Å
总原子数 total_atoms	1973
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6474
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	4826000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.020; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1u5oa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.2 — NTF2-like

结构域编号 domain_id	d1u5ob_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.2 — NTF2-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1u5oA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1u5oB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.847 Å
晶胞边长 b length_b	56.917 Å
晶胞边长 c length_c	85.949 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	34.300 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2610

描述 description	Nuclear transport factor 2
分子量 formula_weight	14447.4 kDa
突变 mutation	D23A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2069

Structure of the D23A mutant of the nuclear transport carrier NTF2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear transport factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

fit	/app/data/saxs_computation/u5/1u5o/1u5o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u5/1u5o/1u5o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u5/1u5o/1u5o.dat