1u5t

Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.1 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

appears to be functionally related to SNF7; Snf8p

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–233	未记录	Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p × 1 （Q06696） Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region × 2 （P47142）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；Naacetate, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.60 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W7P The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/VPS36) 提交 2004-09-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；3.1% PEG35000, 0.1 M TRIS ACETATE PH 8.5, 1.36 M SODIUM FORMIATE, 19% GLYCEROL	分辨率 3.60 Å R-free 0.330

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNF8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q06696

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 396–564	未记录	appears to be functionally related to SNF7; Snf8p × 1 （Q12483） Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region × 2 （P47142）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；Naacetate, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.60 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1U5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W7P The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/VPS36) 提交 2004-09-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–566（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；3.1% PEG35000, 0.1 M TRIS ACETATE PH 8.5, 1.36 M SODIUM FORMIATE, 19% GLYCEROL	分辨率 3.60 Å R-free 0.330
2CAY Vps36 N-terminal PH domain 提交 2005-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–99（99 aa）片段：PH DOMAIN, RESIDUES 1-99 AND 252-289 链 A 252–289（38 aa）片段：PH DOMAIN, RESIDUES 1-99 AND 252-289 链 B 1–99（99 aa）片段：PH DOMAIN, RESIDUES 1-99 AND 252-289 链 B 252–289（38 aa）片段：PH DOMAIN, RESIDUES 1-99 AND 252-289	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；1M AMSO4, 0.2M NACL, 6% GLYCEROL 0.1M TRIS PH 9.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 110–171（62 aa）片段：RESIDUES 110-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 110–171（62 aa）片段：RESIDUES 110-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS36_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 396–564

Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P47142

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–202 链 D； UniProt 1–202	未记录	appears to be functionally related to SNF7; Snf8p × 1 （Q12483） Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p × 1 （Q06696）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；Naacetate, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.60 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1U5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W7P The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/VPS36) 提交 2004-09-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–202（202 aa）链 C 1–202（202 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；3.1% PEG35000, 0.1 M TRIS ACETATE PH 8.5, 1.36 M SODIUM FORMIATE, 19% GLYCEROL	分辨率 3.60 Å R-free 0.330
1XB4 Crystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking complex ESCRT-II 提交 2004-08-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–202（202 aa）链 B 1–202（202 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, Magnesium acetate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.327
1XB4 Crystal structure of subunit VPS25 of the endosomal trafficking complex ESCRT-II 提交 2004-08-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–202（202 aa）链 D 1–202（202 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, Magnesium acetate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.327

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202 作者链 D； PDB构建体 1–202； UniProt 1–202

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u5t
沉积日期 deposition_date	2004-07-28
结构标题 title	Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex
关键词 keywords	escrt, endosomal, trafficking, protein complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.77 Å
零角强度 I(0) i0	112398000.00
分子量 molecular_weight	86121.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108410 Å³
包络体积 envelope_volume	151460 Å³
水化壳体积 shell_volume	37965 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.55 Å
包络 Rg envelope_rg	36.79 Å
形状 Rg shape_rg	35.77 Å
总 Rg total_rg	35.99 Å
总原子数 total_atoms	6055
残基数 n_residues	738
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8526
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.230
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.867

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	appears to be functionally related to SNF7; Snf8p
分子量 formula_weight	26988.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6055

MKQFGLAAFDELKDGKYNDVNKTILEKQSVELRDQLMVFQERLVEFAKKHNSELQASPEFRSKFMHMCSSIGIDPLSLFDRDKHLFTVNDFYYEVCLKVIEICRQTKDMNGGVISFQELEKVHFRKLNVGLDDLEKSIDMLKSLECFEIFQIRGKKFLRSVPNELTSDQTKILEICSILGYSSISLLKANLGWEAVRSKSALDEMVANGLLWIDYQGGAEALYWDPSWITRQL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p
分子量 formula_weight	19657.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LDREKFLNKELFLDEIAREIYEFTLSEFKDLNSDTNYMIITLVDLYAMYNKSMRIGTGLISPMEMREACERFEHLGLNELKLVKVNKRILCVTSEKFDVVKEKLVDLIGDNPGSDLLRLTQILSSNNSKSNWTLGILMEVLQNCVDEGDLLIDKQLSGIYYYKNSYWPS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
分子量 formula_weight	23582.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSALPPVYSFPPLYTRQPNSLTRRQQISTWIDIISQYCKTKKIWYMSVDGTVINDNELDSGSTDNDDSKKISKNLFNNEDIQRSVSQVFIDEIWSQMTKEGKCLPIDQSGRRSSNTTTTRYFILWKSLDSWASLILQWFEDSGKLNQVITLYELSEGDETVNWEFHRMPESLLYYCLKPLCDRNRATMLKDENDKVIAIKVV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1u5ta1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5ta2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5tb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5tb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5tc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5tc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5td1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

结构域编号 domain_id	d1u5td2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.54 — Vacuolar sorting protein domain

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1u5tA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	1u5tA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u5tA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u5tB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u5tB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u5tC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1

结构域编号 domain_id	1u5tC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u5tD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1

结构域编号 domain_id	1u5tD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	150.040 Å
晶胞边长 b length_b	150.040 Å
晶胞边长 c length_c	185.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2362
R_work r_work	0.2259
R_free r_free	0.2885

fit	/app/data/saxs_computation/u5/1u5t/1u5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u5/1u5t/1u5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u5/1u5t/1u5t.dat

Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

appears to be functionally related to SNF7; Snf8p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)