SAXSdb — 1u6a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F105 HEAVY CHAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 21–243	片段：ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB	F105 LIGHT CHAIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, NACL, NA-CITRATE, PEPTIDE 44 (RLTPEPDD-NH2), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.81 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U6A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2OQJ Crystal structure analysis of Fab 2G12 in complex with peptide 2G12.1 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 20–243（224 aa）链 E 20–243（224 aa）链 H 20–243（224 aa）链 K 20–243（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；1.33M Na/K phosphate, 0.2M isopropanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 143–243（101 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.15 Å R-free 0.287
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–243（105 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 139–243（105 aa）	未记录	18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–243（105 aa）	未记录	18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.51 Å R-free 0.266
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM4 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 提交 2013-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 151–245（95 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.65 Å R-free 0.232
4NM8 Crystal structure of broadly neutralizing antibody CR8043 bound to H3 influenza hemagglutinin 提交 2013-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 151–245（95 aa）链 I 151–245（95 aa）链 J 151–245（95 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.5, 3% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 4.00 Å R-free 0.292
4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 128–247（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.210
5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 135–247（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
5UG0 Human antibody H2897 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006 提交 2017-01-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；10% w/v PEG8000, 100 mM HEPES	分辨率 3.40 Å R-free 0.278
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–245（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 143–245（103 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 143–245（103 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W1M MACV GP1 CR1-07 Fab complex 提交 2017-06-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 143–245（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.5；297 K；1.8 M AmSO4 and 100 mM NaCitrate pH 5.5.	分辨率 3.91 Å R-free 0.264
5W42 Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2) 提交 2017-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 138–245（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 135–244（110 aa）链 E 135–244（110 aa）链 I 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5WKO Crystal structure of antibody 27F3 recognizing the HA from A/California/04/2009 (H1N1) influenza virus 提交 2017-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 135–244（110 aa）链 G 135–244（110 aa）链 K 135–244（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.0	分辨率 3.49 Å R-free 0.268
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 138–245（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6DC3 RSV prefusion F bound to RSD5 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 132–245（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 3.50 Å R-free 0.205
6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 D 138–245（108 aa）链 J 138–245（108 aa）链 P 138–245（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 17 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6N089_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 2–224； UniProt 21–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u6a
沉积日期 deposition_date	2004-07-29
结构标题 title	Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN, FAB, F105, GP120, HIV, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.19 Å
零角强度 I(0) i0	37054100.00
分子量 molecular_weight	46823.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58458 Å³
包络体积 envelope_volume	70911 Å³
水化壳体积 shell_volume	24735 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.96 Å
包络 Rg envelope_rg	23.94 Å
形状 Rg shape_rg	24.17 Å
总 Rg total_rg	24.99 Å
总原子数 total_atoms	3299
残基数 n_residues	425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8085000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	F105 LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	23495.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3384

EIVLTQSPGTLSLSAGERATLSCRASQSVSSRYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRVEPEDFAVYYCQQYDNSVCTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F105 HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	23757.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSHYWSWIRQSPGKGLQWIGYIYYSGSTNYSPSLKSRVTISVETAKNQFSLKLTSMTAADTAVYYCARGPVPAVFYGDYRLDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1u6ah1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1u6ah2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1u6al1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1u6al2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1u6aH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1u6aH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1u6aL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1u6aL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.403 Å
晶胞边长 b length_b	120.403 Å
晶胞边长 c length_c	72.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/u6/1u6a/1u6a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u6/1u6a/1u6a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u6/1u6a/1u6a.dat

Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F105 HEAVY CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)