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1u6p

NMR Structure of the MLV encapsidation signal bound to the Nucleocapsid protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 113.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag polyprotein

Moloney murine leukemia virus

UniProt P03332

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 479–534 片段：Nucleoprotein p10 101-MER × 1 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM Nacl；压力 AMBIENT NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-15N,13C;10MM TRIS, 100% D2O | 10MM TRIS, 100% D2O NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA ADE-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O | 10MM TRIS, 100% D2O NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA CYT-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O | 10MM TRIS, 100% D2O NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA URA-15N,13C; 10MM TRIS, 100% D2O | 10MM TRIS, 100% D2O NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-URA-CYT-2H, 10MM TRIS, 100% D2O; | 10MM TRIS, 100% D2O NMR样品组成：1.2MM PSI MONOMERIC RNA GUA-ADE-CYT-2H, 10MM TRIS, 100% D2O; | 10MM TRIS, 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1U6P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A6B NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE ZINC FINGER PROTEIN NCP10 OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS AND A SEQUENCE OF THE PSI-PACKAGING DOMAIN OF HIV-1, 20 STRUCTURES 提交 1998-02-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 492–531（40 aa） 片段：CENTRAL DOMAIN RESIDUES 14-53
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；293 K
分辨率未提供
1MN8 Structure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein 提交 2002-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–99（99 aa） 片段：M-MuLV C-terminally truncated
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 1.4M sodium citrate, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å R-free 0.169
1MN8 Structure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein 提交 2002-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–99（99 aa） 片段：M-MuLV C-terminally truncated
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 1.4M sodium citrate, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å R-free 0.169
1MN8 Structure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein 提交 2002-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–99（99 aa） 片段：M-MuLV C-terminally truncated
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 1.4M sodium citrate, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å R-free 0.169
1MN8 Structure of Moloney Murine Leukaemia Virus Matrix Protein 提交 2002-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–99（99 aa） 片段：M-MuLV C-terminally truncated
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES-Na pH 7.5, 1.4M sodium citrate, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å R-free 0.169
1WWD NMR structure determined for MLV NC complex with RNA sequence AACAGU 提交 2005-01-05 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 479–534（56 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2；压力 1
NMR样品组成 Unlabelled RNA, 1mM RNA Concentration, in 10mM NaCl, 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
NMR样品组成 Unlabelled NC Protein, 1mM Protein Concentration, in 10mM NaCl, 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
分辨率未提供
1WWE NMR Structure Determined for MLV NC complex with RNA Sequence UUUUGCU 提交 2005-01-05 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 479–534（56 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2；压力 1
NMR样品组成 Unlabelled RNA: 1mM RNA concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
NMR样品组成 Unlabelled NC Protein: 1mM protein concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
分辨率未提供
1WWF NMR Structure Determined for MLV NC Complex with RNA Sequence CCUCCGU 提交 2005-01-05 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 479–534（56 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2；压力 1
NMR样品组成 Unlabelled RNA: 1mM RNA concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
NMR样品组成 Unlabelled NC Protein: 1mM protein concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
分辨率未提供
1WWG NMR Structure Determined for MLV NC Complex with RNA Sequence UAUCUG 提交 2005-01-05 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 479–534（56 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2；压力 1
NMR样品组成 Unlabelled RNA: 1mM RNA concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
NMR样品组成 Unlabelled NC Protein: 1mM protein concentration, in 10mM Tris-HCl, pH 7.0, 10mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1mM BME | 99.99% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GAG_MLVMO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 479–534

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1u6p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1u6p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1u6p
沉积日期 deposition_date2004-07-30
结构标题 titleNMR Structure of the MLV encapsidation signal bound to the Nucleocapsid protein
关键词 keywords;MLV, A-MINOR K-TURN, STEM LOOP, BULGE, G-U MISMATCH, G-A MISMATCH, U-U MISMATCH, A-C MISMATCH, Zinc finger, NC, Viral protein-RNA COMPLEX ;; Viral protein/RNA
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.87 Å
零角强度 I(0) i023745700000.00
分子量 molecular_weight785400.0 kDa
排除体积 excluded_volume766210 ų
包络体积 envelope_volume394940 ų
水化壳体积 shell_volume78503 ų
包络直径 envelope_diameter124.7 Å
壳层 Rg shell_rg48.34 Å
包络 Rg envelope_rg39.70 Å
形状 Rg shape_rg32.82 Å
总 Rg total_rg33.11 Å
总原子数 total_atoms82960
残基数 n_residues3120
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.9 Å
Rg (实空间) rg_real33.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3750e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9290e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23740000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8724
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.8 Å
偏度 Skewness skewness0.432
峰度 Kurtosis kurtosis-0.198
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19140000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.872
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1u6pa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.40 — Retrovirus zinc finger-like domains
超家族 Superfamily superfamilyg.40.1 — Retrovirus zinc finger-like domains
家族 Family familyg.40.1.1 — Retrovirus zinc finger-like domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1u6pA00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc finger, CCHC-type
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)