SAXSdb — 1uef

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Docking protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret × 2 （P35546） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret × 1 （P35546） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret × 1 （P35546） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DOK1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–119； UniProt 152–266 作者链 B； PDB构建体 5–119； UniProt 152–266

13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret

物种未注明

UniProt P35546

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Docking protein 1 × 2 （P97465） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Docking protein 1 × 1 （P97465） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Docking protein 1 × 1 （P97465） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RET_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 1055–1067 作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 1055–1067

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1uef
沉积日期 deposition_date	2003-05-14
结构标题 title	Crystal Structure of Dok1 PTB Domain Complex
关键词 keywords	protein binding, transferase, phosphotyrosine binding domain, PROTEIN BINDING-TRANSFERASE COMPLEX; PROTEIN BINDING/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1uef__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1uef__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1uef__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.97 Å
Rg（电子密度）	13.49 Å
总 Rg	14.91 Å
原子数	924
残基数	114
排除体积	16446 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1uef__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1uef__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1uef__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Docking protein 1
分子量 formula_weight	14373.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1836

GSHMGSQFWVTSQKTEASERCGLQGSYILRVEAEKLTLLTLGAQSQILEPLLFWPYTLLRRYGRDKVMFSFEAGRRCPSGPGTFTFQTSQGNDIFQAVEAAIQQQKAQGKVGQAQDILRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret
分子量 formula_weight	1624.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.112
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

STWIENKLYGMSD

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1uefa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.2 — Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	d1uefa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1uefb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.2 — Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1uefA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	1uefB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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晶胞边长 a length_a	45.482 Å
晶胞边长 b length_b	55.720 Å
晶胞边长 c length_c	99.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2770

Crystal Structure of Dok1 PTB Domain Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Docking protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1uef__assembly_2__model_1

1uef__assembly_2__model_1 | I(q)

1uef__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Dok1 PTB Domain Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Docking protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

13-mer peptide from Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor ret

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1uef__assembly_2__model_1

1uef__assembly_2__model_1 | I(q)

1uef__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)