1uf2

The Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein P3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Outer capsid protein P8 × 780 （P17379） Structural protein P7 × 60 （P22473）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Outer capsid protein P8 × 13 （P17379） Structural protein P7 × 1 （P22473）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	Outer capsid protein P8 × 65 （P17379） Structural protein P7 × 5 （P22473）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Outer capsid protein P8 × 78 （P17379） Structural protein P7 × 6 （P22473）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Outer capsid protein P8 × 13 （P17379） Structural protein P7 × 1 （P22473）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	Outer capsid protein P8 × 195 （P17379） Structural protein P7 × 15 （P22473）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP3_RDVA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1019； UniProt 1–1019 作者链 B； PDB构建体 1–1019； UniProt 1–1019

Outer capsid protein P8

物种未注明

UniProt P17379

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Core protein P3 × 120 （P22472） Structural protein P7 × 60 （P22473）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Core protein P3 × 2 （P22472） Structural protein P7 × 1 （P22473）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	Core protein P3 × 10 （P22472） Structural protein P7 × 5 （P22473）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Core protein P3 × 12 （P22472） Structural protein P7 × 6 （P22473）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Core protein P3 × 2 （P22472） Structural protein P7 × 1 （P22473）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	Core protein P3 × 30 （P22472） Structural protein P7 × 15 （P22473）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP8_RDVO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 E； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 F； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 G； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 H； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 I； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 J； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 P； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 Q； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 R； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 S； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420 作者链 T； PDB构建体 1–421； UniProt 1–420

Structural protein P7

物种未注明

UniProt P22473

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Core protein P3 × 120 （P22472） Outer capsid protein P8 × 780 （P17379）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Core protein P3 × 2 （P22472） Outer capsid protein P8 × 13 （P17379）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	Core protein P3 × 10 （P22472） Outer capsid protein P8 × 65 （P17379）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Core protein P3 × 12 （P22472） Outer capsid protein P8 × 78 （P17379）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Core protein P3 × 2 （P22472） Outer capsid protein P8 × 13 （P17379）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	Core protein P3 × 30 （P22472） Outer capsid protein P8 × 195 （P17379）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP7_RDVO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1uf2
沉积日期 deposition_date	2003-05-23
结构标题 title	The Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV)
关键词 keywords	VIRUS COMPONENTS, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1uf2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1uf2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1uf2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	309.30 Å
总 Rg	309.20 Å
原子数	3487800
残基数	446040
排除体积	62321000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1uf2__assembly_1__model_1`	960-MERIC （960）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1uf2__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1uf2__assembly_3__model_1`	80-meric （80）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1uf2__assembly_4__model_1`	96-meric （96）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1uf2__assembly_5__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1uf2__assembly_6__model_1`	240-meric （240）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Core protein P3
分子量 formula_weight	114400.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	58130

MDSTGRAYDGASEFKSVLVTEGTSHYTPVEVYNILDELKTIKITSTIAEQSVVSRTPIPLSKIGLQDVKKLFDINVIKCGSSLRIVDEPQVTFIVSYAKDIYDKFMCIEHDSAYEPSLTMHRVRVIYSMLNDYCAKMISEVPYESSFVGELPVKSVTLNKLGDRNMDALAEHLLFEHDVVNAQRENRIFYQRKSAPAVPVIFGDDLEPAVRERANLYHRYSVPYHQIELALHALANDLLSIQYCHPTVVYNYLSSRAPNFLRLDDQVSLKLTSAGIGTLMPRPVVQLLDYDLVYMSPLALNNLASRLLRKISLHLVMQMVTAVQQDLGEVVSVSSNVTNPASACLVRMNVQGVQTLAVFIAQSMLNPNISYGMISGLTLDCFSNFIYGACLMLFQALIPPSALTARQRLDINNRFAYFLIKCHATQATTARLVANQVIYPVDAIDQWQSNGRDVLVAIYNNLLPGELVLTNLIQTYFRGNTAQQAAEILIPADQTSYGANETRALSAPYLFGAPINMLAPDARLSTYKRDLALPDRSPILITTVEGQNSISIENLRHKTGLIRAMYLNGFVTQPPAWIRNANSNTALLSRFLDATPNLLGIYEAILANTYANAVNVYCDSVYRADIPIEWKLHQSVDPQDLLFGVFGIVPQYQILNEAVPDFFAGGEDILILQLIRAVYDTLSNKLGRNPADIFHLEEVFKVIEEIVSVLVQQKIDVRKYFTESMRSGSFSKPRWDNFLRRPVAQRLPNLYSVIMTQADHVYNYMTQLTHIIPITDCFYIVKNSGFVDRGSTGPVIASSSVYENVLKVVHTIADFDAANALRLQRRRVDNTSYTDSLSDMFNGLRSISSSEFVRSVNGRSVFTEGRIDAIKVNMRAKFDLQFITEEGGYSKPPNVKKLMFSDFLSFLDSHKSDYRPPLLTVPITIGLNNLGETNSNTLRMRSEAIDEYFSSYVGAQILVPINVVDTRVYTEFSELRNFFTGDVVIRDDPFDVWDGVKATYIPIGVHGVRLDPNGDQPPL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer capsid protein P8
分子量 formula_weight	46528.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,C,D,Q,E,F,R,G,H,S,I,J,T

MSRQMWLDTSALLEAISEYVVRCNGDTFSGLTTGDFNALSNMFTQLSVSSAGYVSDPRVPLQTMSNMFVSFITSTDRCGYMLRKTWFNSDTKPTVSDDFITTYIRPRLQVPMSDTVRQLNNLSLQPSAKPKLYERQNAIMKGLDIPYSEPIEPCKLFRSVAGQTGNIPMMGILATPPAAQQQPFFVAERRRILFGIRSNAAIPAGAYQFVVPAWASVLSVTGAYVYFTNSFFGTIIAGVTATATAADAATTFTVPTDANNLPVQTDSRLSFSLGGGNINLELGVAKTGFCVAIEGEFTILANRSQAYYTLNSITQTPTSIDDFDVSDFLTTFLSQLRACGQYEIFSDAMDQLTNSLITNYMDPPAIPAGLAFTSPWFRFSERARTILALQNVDLNIRKLIVRHLWVITSLIAVFGRYYRPN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Structural protein P7
分子量 formula_weight	55409.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MSAIVGLCLLSEKVVLSRSLTDEVSKLYKLNRGNVKEPRKYATERMSTQSKPVALQVPVSTIILDYKNEDFIKQNPTYSAMDIIGSPSNTAPQTAFQSIMPSLSALFNTPFIQGAFRHRIISSMGPEISYLVMVIGPPSGFMDTPNVSSAQSSVHTVSNADVDLNDIIAINSTMAKSTKLVSASTLQAMLVNDVYDRCMDLDGILLSQALPFFRNYVNVQSKGSLPPAVAACLNTPIKELFSMGSGKREPLALEFRKDNEGQCIGIVLPKGHEGDTLSSRYPAVFINESEPFSDKERSELSELKRTDSDAYEKLYSETISKHVSDGSYGNRVIISHKMSRLSNGGVKIIGRFKISDFNTVKKNLSSRSGEIDSAKEQWEALSGNGLVTDSNISMLHDKILDTITSNKPGVVLRDGNKKSENIVVCFKNGFPNKKHSLLQLTKNGISVVSLDELTDAGILVESTGPDRVRRSPKVLANKLSSFKGRKVTLDVDNMSTEALIQKLSTL

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (28 domains)

结构域编号 domain_id	d1uf2a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.28 — Reovirus inner layer core protein p3
超家族 Superfamily superfamily	e.28.1 — Reovirus inner layer core protein p3
家族 Family family	e.28.1.2 — Phytoreovirus core

结构域编号 domain_id	d1uf2b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.28 — Reovirus inner layer core protein p3
超家族 Superfamily superfamily	e.28.1 — Reovirus inner layer core protein p3
家族 Family family	e.28.1.2 — Phytoreovirus core

结构域编号 domain_id	d1uf2c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2f1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2f2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2g2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2h1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2i1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2i2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2j1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2j2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2p1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2p2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2q1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2q2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2r1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2r2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2s1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2s2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

结构域编号 domain_id	d1uf2t1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.3 — Phytoreovirus capsid

结构域编号 domain_id	d1uf2t2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	1uf2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2P02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2Q02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2R02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2S02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1uf2T02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

▶

晶胞边长 a length_a	770.000 Å
晶胞边长 b length_b	795.000 Å
晶胞边长 c length_c	814.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1560

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	228.740 Å
R 因子 r_factor	0.3030
R_work r_work	0.3030
R_free r_free	0.3060

The Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein P3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer capsid protein P8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural protein P7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1uf2__assembly_1__model_1

1uf2__assembly_1__model_1 | I(q)

1uf2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (28 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)

The Atomic Structure of Rice dwarf Virus (RDV)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein P3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer capsid protein P8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Structural protein P7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1uf2__assembly_1__model_1

1uf2__assembly_1__model_1 | I(q)

1uf2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 41 domains

SCOP 2.08 (28 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)