1ukt

Crystal structure of Y100L mutant cyclodextrin glucanotransferase compexed with an acarbose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclomaltodextrin glucanotransferase

Bacillus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	4,6-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 1 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	4,6-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose × 1 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDGT_BACS0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–686； UniProt 28–713 作者链 B； PDB构建体 1–686； UniProt 28–713

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ukt
沉积日期 deposition_date	2003-09-01
结构标题 title	Crystal structure of Y100L mutant cyclodextrin glucanotransferase compexed with an acarbose
关键词 keywords	CGTASE, ACARBOSE, CARBOHYDRATE/PROTEIN INTERACTION, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ukt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ukt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ukt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.70 Å
Rg（电子密度）	25.54 Å
总 Rg	26.36 Å
原子数	5354
残基数	686
排除体积	94167 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ukt__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ukt__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclomaltodextrin glucanotransferase
分子量 formula_weight	75180.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.19
突变 mutation	Y100L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10961

APDTSVSNKQNFSTDVIYQIFTDRFSDGNPANNPTGAAFDGSCTNLRLYCGGDWQGIINKINDGYLTGMGITAIWISQPVENIYSVINYSGVNNTAYHGLWARDFKKTNPAYGTMQDFKNLIDTAHAHNIKVIIDFAPNHTSPASSDDPSFAENGRLYDNGNLLGGYTNDTQNLFHHYGGTDFSTIENGIYKNLYDLADLNHNNSSVDVYLKDAIKMWLDLGVDGIRVDAVKHMPFGWQKSFMATINNYKPVFTFGEWFLGVNEISPEYHQFANESGMSLLDFRFAQKARQVFRDNTDNMYGLKAMLEGSEVDYAQVNDQVTFIDNHDMERFHTSNGDRRKLEQALAFTLTSRGVPAIYYGSEQYMSGGNDPDNRARLPSFSTTTTAYQVIQKLAPLRKSNPAIAYGSTHERWINNDVIIYERKFGNNVAVVAINRNMNTPASITGLVTSLPRGSYNDVLGGILNGNTLTVGAGGAASNFTLAPGGTAVWQYTTDATTPIIGNVGPMMAKPGVTITIDGRGFGSGKGTVYFGTTAVTGADIVAWEDTQIQVKIPAVPGGIYDIRVANAAGAASNIYDNFEVLTGDQVTVRFVINNATTALGQNVFLTGNVSELGNWDPNNAIGPMYNQVVYQYPTWYYDVSVPAGQTIEFKFLKKQGSTVTWEGGANRTFTTPTSGTATVNVNWQP

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1410
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	4,6-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	472.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ukta1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.2 — E-set domains of sugar-utilizing enzymes

结构域编号 domain_id	d1ukta2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ukta3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1ukta4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1uktb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.2 — E-set domains of sugar-utilizing enzymes

结构域编号 domain_id	d1uktb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1uktb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1uktb4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1uktA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1uktA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1uktA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1uktA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1uktB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1uktB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1uktB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1uktB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	65.680 Å
晶胞边长 b length_b	74.470 Å
晶胞边长 c length_c	80.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.29 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.81 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2760

Crystal structure of Y100L mutant cyclodextrin glucanotransferase compexed with an acarbose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclomaltodextrin glucanotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ukt__assembly_1__model_1

1ukt__assembly_1__model_1 | I(q)

1ukt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of Y100L mutant cyclodextrin glucanotransferase compexed with an acarbose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclomaltodextrin glucanotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ukt__assembly_1__model_1

1ukt__assembly_1__model_1 | I(q)

1ukt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)