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1umu

STRUCTURE DETERMINATION OF UMUD' BY MAD PHASING OF THE SELENOMETHIONYL PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UMUD'

Escherichia coli

UniProt P04153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–139 链 B； UniProt 25–139 片段：;UMUD', RESIDUES 25 - 139 ; 突变：DEL(1-24), M138T, M61 AND M110 SUBSTITUTED BY SELENOMETHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.8；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM 600MM LISO4, 20MM MGCL2, 100MM CACODYLATE BUFFER PH 5.8, 5MM DTT AT 20C WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 12-15 MG/ML. THE CRYSTALS WERE FROZEN AT 100K IN PARATONE FOR DATA COLLECTION AT THE NSLS X4A BEAMLINE. 分辨率 2.50 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1UMU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AY9 WILD-TYPE UMUD' FROM E. COLI 提交 1997-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 32–139（108 aa）
链 B 32–139（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；100MM CACODYLATE BUFFER PH 6.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
1AY9 WILD-TYPE UMUD' FROM E. COLI 提交 1997-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–139（108 aa）
链 B 32–139（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；100MM CACODYLATE BUFFER PH 6.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
1I4V SOLUTION STRUCTURE OF THE UMUD' HOMODIMER 提交 2001-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–139（115 aa）
链 B 25–139（115 aa）
突变：G25A 突变：G25A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.9 mM UmuD' U-15N; 150 mM NaCl, 10 mM phosphate, pH 6.0, 1mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.3 mM UmuD' U-15N,13C; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.5 mM UmuD' unlabeled; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H20, 5% D2O
NMR样品组成 1.4 mM UmuD' unlabeled; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM UmuD' U-10% 13C; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 100% D2O
NMR样品组成 2.7 mM UmuD' U-100% 2H,15N and 2.7 mM unlabeled UmuD'; 150 mM NaCl, 20 mM phosphate, pH 6.0, 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA | 95% H20, 5% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UMUD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 25–139 作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 25–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1umu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1umu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1umu
沉积日期 deposition_date1996-03-07
结构标题 titleSTRUCTURE DETERMINATION OF UMUD' BY MAD PHASING OF THE SELENOMETHIONYL PROTEIN
关键词 keywordsINDUCED MUTAGENESIS, SOS MUTAGENESIS, DNA REPAIR, BETA-LACTAMASE CLEAVAGE REACTION, LEXA REPRESSOR, LAMBDA CI; SOS MUTAGENESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.45 Å
零角强度 I(0) i08691070.00
分子量 molecular_weight22315.0 kDa
排除体积 excluded_volume28150 ų
包络体积 envelope_volume35018 ų
水化壳体积 shell_volume16100 ų
包络直径 envelope_diameter94.2 Å
壳层 Rg shell_rg24.33 Å
包络 Rg envelope_rg20.37 Å
形状 Rg shape_rg19.47 Å
总 Rg total_rg20.19 Å
总原子数 total_atoms1559
残基数 n_residues207
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.1 Å
Rg (实空间) rg_real20.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real8.6910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8691000.0000
解质量估计 total_estimate0.7072
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.4 Å
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis0.517
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1054000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.231; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.497; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1umua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamilyb.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family familyb.87.1.1 — LexA-related
结构域编号 domain_idd1umub_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamilyb.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family familyb.87.1.1 — LexA-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1umuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A
结构域编号 domain_id1umuB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Umud Fragment, subunit A
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)