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1upr

Crystal structure of the PEPP1 pleckstrin homology domain in complex with Inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 46.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN-CONTAINING FAMILY A MEMBER 4

HOMO SAPIENS

UniProt Q9H4M7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 45–167 片段：PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 45-167 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；16% PEG 20,000, 0.1 M MES (PH 6.0) 分辨率 2.27 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1UPR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1UPQ Crystal structure of the pleckstrin homology (PH) domain of PEPP1 提交 2003-10-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 45–167（123 aa） 片段：PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 45-167
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；25% PEG 5000 MME, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 6.5
分辨率 1.48 Å R-free 0.243
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 174–184（11 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 174–184（11 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 174–184（11 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249
8OIO Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide 提交 2023-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 174–184（11 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K
分辨率 1.95 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKHA4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–123； UniProt 45–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1upr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1upr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1upr
沉积日期 deposition_date2003-10-10
结构标题 titleCrystal structure of the PEPP1 pleckstrin homology domain in complex with Inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN, SIGNAL TRANSDUCTION, PHOSPHOINOSITIDE BINDING DOMAIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.40 Å
零角强度 I(0) i03788150.00
分子量 molecular_weight12923.0 kDa
排除体积 excluded_volume15896 ų
包络体积 envelope_volume18235 ų
水化壳体积 shell_volume11593 ų
包络直径 envelope_diameter45.5 Å
壳层 Rg shell_rg19.16 Å
包络 Rg envelope_rg13.73 Å
形状 Rg shape_rg13.35 Å
总 Rg total_rg14.77 Å
总原子数 total_atoms908
残基数 n_residues107
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax46.9 Å
Rg (实空间) rg_real14.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9560e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3788000.0000
解质量估计 total_estimate0.8872
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.3 Å
偏度 Skewness skewness0.052
峰度 Kurtosis kurtosis-0.371
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha669900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.985
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1upra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1uprA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)