SAXSdb — 1uvq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN

HOMO SAPIENS

UniProt P01907

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–219	未记录	HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN × 1 （P03992） OREXIN × 1 （O43612） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 GLY GLYCINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.8；pH 3.80	分辨率 1.80 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA25_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–196； UniProt 24–219

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN

HOMO SAPIENS

UniProt P03992

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 35–230	未记录	HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN × 1 （P01907） OREXIN × 1 （O43612） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 GLY GLYCINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.8；pH 3.80	分辨率 1.80 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HB25_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–196； UniProt 35–230

OREXIN

HOMO SAPIENS

UniProt O43612

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–12	未记录	HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN × 1 （P01907） HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN × 1 （P03992） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 GLY GLYCINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.8；pH 3.80	分辨率 1.80 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1UVQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQ0 SOLUTION STRUCTURE OF A HUMAN HYPOCRETIN-2/OREXIN-B'SOLUTION STRUCTURE OF A HUMAN HYPOCRETIN-2/OREXIN-B ' 提交 1999-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 71–97（27 aa）片段：HUMAN HYPOCRETIN-2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM Sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成 2mM	分辨率未提供
1R02 Solution structure of Human Orexin-A:Regulator of Appetite and Wakefulness 提交 2003-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–66（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；278 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM K2HPO4；压力 ambient NMR样品组成 2mM orexin-A; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM orexin-A; 50mM phosphate buffer; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
1WSO The solution structures of human Orexin-A 提交 2004-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–66（32 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）18mM potassium phosphate；压力 ambient NMR样品组成 0.76mM orexin-A; 18mM potassium phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.76mM orexin-A; 18mM potassium phosphate buffer \| 99.9% D20	分辨率未提供
7L1U Orexin Receptor 2 (OX2R) in Complex with G Protein and Natural Peptide-Agonist Orexin B (OxB) 提交 2020-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 70–97（28 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OREX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–17； UniProt 1–12

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1uvq
沉积日期 deposition_date	2004-01-22
结构标题 title	Crystal structure of HLA-DQ0602 in complex with a hypocretin peptide
关键词 keywords	;IMMUNOLOGY, MHC CLASS II, DIABETES, NARCOLEPSY, AUTOIMMUNE DISEASE, STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE, SPINE, STRUCTURAL GENOMICS, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.72 Å
零角强度 I(0) i0	34271200.00
分子量 molecular_weight	44814.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55836 Å³
包络体积 envelope_volume	67505 Å³
水化壳体积 shell_volume	24204 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.30 Å
包络 Rg envelope_rg	24.12 Å
形状 Rg shape_rg	23.68 Å
总 Rg total_rg	24.62 Å
总原子数 total_atoms	3161
残基数 n_residues	383
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8783
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.383
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8866000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
分子量 formula_weight	22275.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3532

EDIVADHVASCGVNLYQFYGPSGQYTHEFDGDEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPEVTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
分子量 formula_weight	23029.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVTRYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFRGILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKVD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	OREXIN
分子量 formula_weight	3104.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EGRDSMNLPSTKVSWAAVGGGGSLVPRGSGGGG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	371

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1uvqa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1uvqa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1uvqb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1uvqb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1uvqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1uvqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1uvqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1uvqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.078 Å
晶胞边长 b length_b	129.304 Å
晶胞边长 c length_c	40.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	27.310 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2050

fit	/app/data/saxs_computation/uv/1uvq/1uvq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uv/1uvq/1uvq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uv/1uvq/1uvq.dat

Crystal structure of HLA-DQ0602 in complex with a hypocretin peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

OREXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)