SAXSdb — 1v05

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FILAMIN C

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2633–2725	片段：ROD DOMAIN, RESIDUES 2633-2725	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；1.6M NA CITRATE, 0.1M HEPES, PH7.5, pH 7.50	分辨率 1.43 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1V05	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D7M Solution structure of the 14th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1536–1637（102 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.22mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7N Solution structure of the 16th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1782–1861（80 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.19mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7O Solution structure of the 17th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1856–1953（98 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.16mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7P Solution structure of the 22th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2402–2500（99 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.24mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7Q Solution structure of the 23th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2500–2599（100 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NQC Crystal structure of ig-like domain 23 from human filamin C 提交 2006-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2495–2598（104 aa）片段：Ig-like domain 23	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；17.5% PEG 10000, 0.2M imidazole malate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
4MGX Crystal structure of human filamin C domains 4-5 and GPIB alpha cytoplasmic domain complex 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 572–756（185 aa）片段：domains 4 and 5 (UNP residues 572-756)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.16 Å R-free 0.277
7OUU Crystal structure of human filamin C domains 14-15 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295.15 K；0.1 M HEPES 7.0, 30 % v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 1.47 Å R-free 0.228
7OUV Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation S1624L 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295.15 K；0.1 M SPG pH 5.0, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
7P0E Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation G1676R 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.0, 26.3 % w/v PEG 3350, 5% w/v Glycerol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
8PA0 cvHsp (HspB7) C131S alpha-crystallin domain - filamin C (FLNC) domain 24 complex 提交 2023-06-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2630–2725（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 mM HEPES and 20% w/v PEG 8000, pH 7.0	分辨率 2.85 Å R-free 0.291

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLNC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–96； UniProt 2633–2725

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v05
沉积日期 deposition_date	2004-03-22
结构标题 title	Dimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24
关键词 keywords	ACTIN-BINDING PROTEIN, IMMUNOGLOBULIN; ACTIN-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.49 Å
零角强度 I(0) i0	2268620.00
分子量 molecular_weight	10373.0 kDa
排除体积 excluded_volume	13003 Å³
包络体积 envelope_volume	14757 Å³
水化壳体积 shell_volume	9776 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.5 Å
壳层 Rg shell_rg	18.46 Å
包络 Rg envelope_rg	13.92 Å
形状 Rg shape_rg	13.43 Å
总 Rg total_rg	14.81 Å
总原子数 total_atoms	725
残基数 n_residues	96
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2269000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6708
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	633700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1v05a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.10 — Filamin repeat (rod domain)

结构域编号 domain_id	d1v05a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1v05A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.099 Å
晶胞边长 b length_b	48.099 Å
晶胞边长 c length_c	117.485 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	17.730 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1858
R_free r_free	0.2050

描述 description	FILAMIN C
分子量 formula_weight	10383.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	804

Dimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FILAMIN C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

fit	/app/data/saxs_computation/v0/1v05/1v05.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v0/1v05/1v05.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v0/1v05/1v05.dat