1v3d

Structure of the hemagglutinin-neuraminidase from human parainfluenza virus type III: complex with NEU5AC2EN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v3d
沉积日期 deposition_date	2003-10-30
结构标题 title	Structure of the hemagglutinin-neuraminidase from human parainfluenza virus type III: complex with NEU5AC2EN
关键词 keywords	PIV3 HN, NATIVE+NEU5AC2EN, HEXAGONAL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.99 Å
零角强度 I(0) i0	154126000.00
分子量 molecular_weight	98615.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123340 Å³
包络体积 envelope_volume	145770 Å³
水化壳体积 shell_volume	40350 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.45 Å
包络 Rg envelope_rg	30.16 Å
形状 Rg shape_rg	29.98 Å
总 Rg total_rg	30.64 Å
总原子数 total_atoms	6918
残基数 n_residues	862
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8790
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	hemagglutinin-neuraminidase glycoprotein
分子量 formula_weight	48107.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7647

ITHDVGIKPLNPDDFWRCTSGLPSLMKTPKIRLMPGPGLLAMPTTVDGCIRTPSLVINDLIYAYTSNLITRGCQDIGKSYQVLQIGIITVNSDLVPDLNPRISHTFNINDNRKSCSLALLNTDVYQLCSTPKVDERSDYASPGIEDIVLDIVNYDGSISTTRFKNNNISFDQPYAALYPSVGPGIYYKGKIIFLGYGGLEHPINENVICNTTGCPGKTQRDCNQASHSPWFSDRRMVNSIIVVDKGLNSIPKLKVWTISMRQNYWGSEGRLLLLGNKIYIYTRSTSWHSKLQLGIIDITDYSDIRIKWTWHNVLSRPGNNECPWGHSCPDGCITGVYTDAYPLNPTGSIVSSVILDSQKSRVNPVITYSTATERVNELAILNRTLSAGYTTTSCITHYNKGYCFHIVEINHKSLNTLQPMLFKTEIPKSCS

来源 Source

来源生物 organism	Human parainfluenza virus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11216
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID
分子量 formula_weight	291.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	717

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1v3da_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

结构域编号 domain_id	d1v3db_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1v3dA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v3dB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	219.005 Å
晶胞边长 b length_b	219.005 Å
晶胞边长 c length_c	109.814 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	41.390 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/v3/1v3d/1v3d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v3/1v3d/1v3d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v3/1v3d/1v3d.dat