1v7p

Structure of EMS16-alpha2-I domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EMS16 A chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	EMS16 B chain × 1 （Q7T2Q0） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7T2Q1_ECHML
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 24–157

EMS16 B chain

物种未注明

UniProt Q7T2Q0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	EMS16 A chain × 1 （Q7T2Q1） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7T2Q0_ECHML
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 27–154

Integrin alpha-2

Homo sapiens

UniProt P17301

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	EMS16 A chain × 1 （Q7T2Q1） EMS16 B chain × 1 （Q7T2Q0） PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–200； UniProt 167–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v7p
沉积日期 deposition_date	2003-12-19
结构标题 title	Structure of EMS16-alpha2-I domain complex
关键词 keywords	SNAKE VENOM, C-TYPE LECTIN, ANTAGONIST, INTEGRIN, CELL ADHESION, GLYCOPROTEIN, TOXIN-CELL ADHESION COMPLEX; TOXIN/CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1v7p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1v7p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1v7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.50 Å
Rg（电子密度）	24.68 Å
总 Rg	25.49 Å
原子数	3690
残基数	454
排除体积	65276 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1v7p__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EMS16 A chain
分子量 formula_weight	15889.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4153

DFDCPSDWTAYDQHCYLAIGEPQNWYEAERFCTEQAKDGHLVSIQSREEGNFVAQLVSGFMHRSEIYVWIGLRDRREEQQCNPEWNDGSKIIYVNWKEGESKMCQGLTKWTNFHDWNNINCEDLYPFVCKFSAV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EMS16 B chain
分子量 formula_weight	15121.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

CPLGWSSFDQHCYKVFEPVKNWTEAEEICMQQHKGSRLASIHSSEEEAFVSKLASKALKFTSMWIGLNNPWKDCKWEWSDNARFDYKAWKRRPYCTVMVVKPDRIFWFTRGCEKSVSFVCKFLTDPAV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Integrin alpha-2
分子量 formula_weight	21878.7 kDa
突变 mutation	Q138G, P139S, C140S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSSPSLIDVVVVCDESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATSQTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCNHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQIFSIEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	463

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1v7pa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1v7pb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1v7pc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1v7pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1v7pB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1v7pC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

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晶胞边长 a length_a	163.766 Å
晶胞边长 b length_b	38.449 Å
晶胞边长 c length_c	69.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2350

Structure of EMS16-alpha2-I domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EMS16 A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EMS16 B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v7p__assembly_1__model_1

1v7p__assembly_1__model_1 | I(q)

1v7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (4)

Structure of EMS16-alpha2-I domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EMS16 A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EMS16 B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v7p__assembly_1__model_1

1v7p__assembly_1__model_1 | I(q)

1v7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (4)