SAXSdb — 1v84

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 2 L(+)-TARTARIC ACID × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3G1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–253； UniProt 83–334 作者链 B； PDB构建体 2–253； UniProt 83–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v84
沉积日期 deposition_date	2003-12-27
结构标题 title	Crystal structure of human GlcAT-P in complex with N-acetyllactosamine, Udp, and Mn2+
关键词 keywords	TRANSFERASE, glycoprotein, glycocyltransferase, HNK-1 epitope; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1v84__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1v84__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1v84__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.96 Å
Rg（电子密度）	24.00 Å
总 Rg	24.90 Å
原子数	4058
残基数	488
排除体积	72210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1v84__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1
分子量 formula_weight	29038.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.135
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4418

ALPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVRWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	360

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1v84a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.7 — 1,3-glucuronyltransferase

结构域编号 domain_id	d1v84b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.7 — 1,3-glucuronyltransferase

结构域编号 domain_id	d1v84b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1v84A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	1v84B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

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晶胞边长 a length_a	61.311 Å
晶胞边长 b length_b	85.782 Å
晶胞边长 c length_c	122.766 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2051
R_free r_free	0.2442

Crystal structure of human GlcAT-P in complex with N-acetyllactosamine, Udp, and Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v84__assembly_1__model_1

1v84__assembly_1__model_1 | I(q)

1v84__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human GlcAT-P in complex with N-acetyllactosamine, Udp, and Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v84__assembly_1__model_1

1v84__assembly_1__model_1 | I(q)

1v84__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)