1vbo

Crystal structure of artocarpin-mannotriose complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

artocarpin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 3	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose × 3 alpha-D-mannopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 3	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose × 3 alpha-D-mannopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7M1T4_ARTIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 B； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 C； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 D； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 E； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 F； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 G； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 H； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vbo
沉积日期 deposition_date	2004-02-28
结构标题 title	Crystal structure of artocarpin-mannotriose complex
关键词 keywords	beta-prism, mannose-specific, lectin, jacalin-like, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vbo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vbo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vbo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.03 Å
Rg（电子密度）	27.22 Å
总 Rg	28.03 Å
原子数	4678
残基数	592
排除体积	83249 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vbo__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vbo__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	artocarpin
分子量 formula_weight	16113.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	9846

ASQTITVGPWGGPGGNGWDDGSYTGIRQIELSYKEAIGSFSVIYDLNGDPFSGPKHTSKLPYKNVKIELKFPDEFLESVSGYTGPFSALATPTPVVRSLTFKTNKGRTFGPYGDEEGTYFNLPIENGLIVGFKGRTGDLLDAIGIHMSL

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	490

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1vboa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vbob_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vboc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vbod_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vboe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vbof_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vbog_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d1vboh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1vboA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	1vboH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

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晶胞边长 a length_a	138.217 Å
晶胞边长 b length_b	72.296 Å
晶胞边长 c length_c	59.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2260

Crystal structure of artocarpin-mannotriose complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

artocarpin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vbo__assembly_1__model_1

1vbo__assembly_1__model_1 | I(q)

1vbo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal structure of artocarpin-mannotriose complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

artocarpin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vbo__assembly_1__model_1

1vbo__assembly_1__model_1 | I(q)

1vbo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (4)