SAXSdb — 1vdg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–220 链 B； UniProt 24–220	片段：Ligand binding domain (domain 1 and 2) 突变：A70T	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris chloride, 0.7M potassium sodium tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VDG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1G0X CRYSTAL STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF LIR-1 (ILT2) 提交 2000-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–221（197 aa）片段：D1D2 LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；potassium sodium tartarate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
1P7Q Crystal Structure of HLA-A2 Bound to LIR-1, a Host and Viral MHC Receptor 提交 2003-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 25–221（197 aa）片段：residue 25-221	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 4000, Sodium Acetate, Tris, L-Cysteine, Triton X-100, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.40 Å R-free 0.309
1UFU Crystal structure of ligand binding domain of immunoglobulin-like transcript 2 (ILT2; LIR-1) 提交 2003-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–221（197 aa）片段：Ligand binding domain (domain1 and 2)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；1.6M Sodium Formate, 0.08M Na-acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.300
1UGN Crystal structure of LIR1.02, one of the alleles of LIR1 提交 2003-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–221（198 aa）片段：Ligand binding domain (domain1 and 2)	突变：A70T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris chloride, 0.7M potassium sodium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
3D2U Structure of UL18, a Peptide-Binding Viral MHC Mimic, Bound to a Host Inhibitory Receptor 提交 2008-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 24–221（198 aa）片段：Ig-like C2-type 1 and C2-type 2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.4 M Mg(NO3)2, and 16~22% (w/v) PEG 33500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
3D2U Structure of UL18, a Peptide-Binding Viral MHC Mimic, Bound to a Host Inhibitory Receptor 提交 2008-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 24–221（198 aa）片段：Ig-like C2-type 1 and C2-type 2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.4 M Mg(NO3)2, and 16~22% (w/v) PEG 33500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
4LL9 Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB1 molecule 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 222–417（196 aa）片段：D3D4 domain, UNP residues 222-417	未记录	IOD IODIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；0.2M NaI, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
4LL9 Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB1 molecule 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 222–417（196 aa）片段：D3D4 domain, UNP residues 222-417	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；0.2M NaI, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
4LL9 Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB1 molecule 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 222–417（196 aa）片段：D3D4 domain, UNP residues 222-417	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；0.2M NaI, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.69 Å R-free 0.275
4NO0 Crystal structure of non-phosphorylated form of RQA_V phosphopeptide bound to HLA-A2 in complex with LILRB1 提交 2013-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 27–221（195 aa）片段：UNP residues 27-221	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.4, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
5KNM Human leukocyte antigen F (HLA-F) presents peptides and regulates immunity through interactions with NK-cell receptors 提交 2016-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 24–221（198 aa）片段：UNP residues 24-221	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；27% PEG 550 MME .1 M Tris-HCl 300 mM NaCl	分辨率 3.30 Å R-free 0.326

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIRB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–197； UniProt 24–220 作者链 B； PDB构建体 1–197； UniProt 24–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vdg
沉积日期 deposition_date	2004-03-22
结构标题 title	Crystal structure of LIR1.01, one of the alleles of LIR1
关键词 keywords	immunoglobulin-like, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.45 Å
零角强度 I(0) i0	29588300.00
分子量 molecular_weight	41790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52262 Å³
包络体积 envelope_volume	63122 Å³
水化壳体积 shell_volume	24234 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.38 Å
包络 Rg envelope_rg	21.27 Å
形状 Rg shape_rg	21.43 Å
总 Rg total_rg	22.37 Å
总原子数 total_atoms	2949
残基数 n_residues	374
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.114
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1vdga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1vdga2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1vdgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1vdgb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1vdgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1vdgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1vdgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1vdgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.969 Å
晶胞边长 b length_b	93.220 Å
晶胞边长 c length_c	57.773 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.3010

描述 description	Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
分子量 formula_weight	22000.7 kDa
突变 mutation	A70T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3010

Crystal structure of LIR1.01, one of the alleles of LIR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

fit	/app/data/saxs_computation/vd/1vdg/1vdg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vd/1vdg/1vdg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vd/1vdg/1vdg.dat