SAXSdb — 1vg6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

octoprenyl-diphosphate synthase

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X1M1_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vg6
沉积日期 deposition_date	2004-04-23
结构标题 title	Crystal Structure Of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase From Hyperthermophilic Thermotoga Maritima F132A/L128A/I123A mutant
关键词 keywords	trans-type prenyltransferase, thermophilic, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vg6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vg6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vg6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.82 Å
Rg（电子密度）	25.69 Å
总 Rg	26.45 Å
原子数	4410
残基数	558
排除体积	79397 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vg6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vg6__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vg6__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1vg6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.128 — Terpenoid synthases
超家族 Superfamily superfamily	a.128.1 — Terpenoid synthases
家族 Family family	a.128.1.1 — Isoprenyl diphosphate synthases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1vg6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

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晶胞边长 a length_a	151.969 Å
晶胞边长 b length_b	151.969 Å
晶胞边长 c length_c	64.243 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	35.240 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2407
R_free r_free	0.2901

描述 description	octoprenyl-diphosphate synthase
分子量 formula_weight	33740.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.11
突变 mutation	F132A/L128A/I123A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2509

Crystal Structure Of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase From Hyperthermophilic Thermotoga Maritima F132A/L128A/I123A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

octoprenyl-diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vg6__assembly_1__model_1

1vg6__assembly_1__model_1 | I(q)

1vg6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	304

Crystal Structure Of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase From Hyperthermophilic Thermotoga Maritima F132A/L128A/I123A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

octoprenyl-diphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vg6__assembly_1__model_1

1vg6__assembly_1__model_1 | I(q)

1vg6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)