1vi8

Crystal structure of a putative thioesterase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein ydiI

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YDII_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 B； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 C； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 D； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 F； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 G； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136 作者链 H； PDB构建体 4–138； UniProt 2–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vi8
沉积日期 deposition_date	2003-12-01
结构标题 title	Crystal structure of a putative thioesterase
关键词 keywords	;PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, Structural genomics, unknown function ;; Structural genomics, unknown function
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vi8__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vi8__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vi8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.71 Å
Rg（电子密度）	22.64 Å
总 Rg	23.49 Å
原子数	4225
残基数	551
排除体积	75093 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vi8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vi8__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d1vi8a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8f3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8g1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8g3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8h1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.38 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
超家族 Superfamily superfamily	d.38.1 — Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase
家族 Family family	d.38.1.5 — PaaI/YdiI-like

结构域编号 domain_id	d1vi8h2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vi8h3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1vi8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

结构域编号 domain_id	1vi8H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	129 — Thiol Ester Dehydrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hotdog Thioesterase

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晶胞边长 a length_a	78.657 Å
晶胞边长 b length_b	67.456 Å
晶胞边长 c length_c	105.195 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.510 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.3020

描述 description	Hypothetical protein ydiI
分子量 formula_weight	16325.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	9182

Crystal structure of a putative thioesterase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein ydiI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vi8__assembly_2__model_1

1vi8__assembly_2__model_1 | I(q)

1vi8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	621

Crystal structure of a putative thioesterase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein ydiI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vi8__assembly_2__model_1

1vi8__assembly_2__model_1 | I(q)

1vi8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)