1vio

Crystal structure of pseudouridylate synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal small subunit pseudouridine synthase A

Haemophilus influenzae

UniProt P45124

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 1,4-BUTANEDIOL × 4 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RSUA_HAEIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–234; UniProt 2–232 作者链 B; PDB构建体 4–234; UniProt 2–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vio
沉积日期 deposition_date2003-12-01
结构标题 titleCrystal structure of pseudouridylate synthase
关键词 keywordsstructural genomics, Lyase; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vio__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vio__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vio__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.99 Å
Rg(电子密度)24.14 Å
总 Rg24.94 Å
原子数3661
残基数460
排除体积65103 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1vio__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1vioa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamilyd.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family familyd.265.1.3 — Pseudouridine synthase RsuA/RluD
结构域编号 domain_idd1vioa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.66 — Alpha-L RNA-binding motif
超家族 Superfamily superfamilyd.66.1 — Alpha-L RNA-binding motif
家族 Family familyd.66.1.5 — Pseudouridine synthase RsuA N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1vioa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1viob1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamilyd.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family familyd.265.1.3 — Pseudouridine synthase RsuA/RluD
结构域编号 domain_idd1viob2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.66 — Alpha-L RNA-binding motif
超家族 Superfamily superfamilyd.66.1 — Alpha-L RNA-binding motif
家族 Family familyd.66.1.5 — Pseudouridine synthase RsuA N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1viob3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1vioA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA-binding S4 domain
结构域编号 domain_id1vioA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily580 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1vioA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1560 — Alpha-L RNA-binding motif
结构域编号 domain_id1vioB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA-binding S4 domain
结构域编号 domain_id1vioB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily580 — Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain
结构域编号 domain_id1vioB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1560 — Alpha-L RNA-binding motif
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7. 引用文献 (2)