1viq

Crystal structure of putative ADP ribose pyrophosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribose pyrophosphatase

Escherichia coli

UniProt Q93K97

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADPP_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–210; UniProt 2–209 作者链 B; PDB构建体 3–210; UniProt 2–209 作者链 C; PDB构建体 3–210; UniProt 2–209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1viq
沉积日期 deposition_date2003-12-01
结构标题 titleCrystal structure of putative ADP ribose pyrophosphatase
关键词 keywordsstructural genomics, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1viq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1viq__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1viq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.36 Å
Rg(电子密度)21.20 Å
总 Rg22.05 Å
原子数3194
残基数408
排除体积56488 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1viq__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1viq__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1viq__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1viq__assembly_4__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 1viq__assembly_5__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1viqa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.1 — MutT-like
结构域编号 domain_idd1viqa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1viqb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.1 — MutT-like
结构域编号 domain_idd1viqb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1viqc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamilyd.113.1 — Nudix
家族 Family familyd.113.1.1 — MutT-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1viqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id1viqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
结构域编号 domain_id1viqC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

7. 引用文献 (1)