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1vj6

PDZ2 from PTP-BL in complex with the C-terminal ligand from the APC protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 39.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

protein-tyrosine-phosphatase (nonreceptor type 13)

Mus musculus

UniProt Q64512

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1350–1443 片段：PDZ2 domain Adenomatous polyposis coli protein × 1 （Q61315） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：1mM PDZ2 protein, U-15N,13C; 3mM APC peptide, unlabelled | 50 mM KH2PO4/K2HPO4 50 mM KCl, pH 6.8, H2O/D2O (95%/5%) 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1VJ6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GM1 Second PDZ Domain (PDZ2) of PTP-BL 提交 2001-09-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1351–1444（94 aa） 片段：PDZ2
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
分辨率未提供
1OZI The alternatively spliced PDZ2 domain of PTP-BL 提交 2003-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1351–1444（94 aa） 片段：PDZ2 of PTP-BL
突变：INS (VLFDK-G36) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 1.4mM PDZ2_AS, 13C/15N labelled, 50mM potassium phosphate buffer, 50mM KCl | 95% H20, 5% D20
分辨率未提供
6GBD Murine Protein Tyrosine Phosphatase PTPN13 PDZ3 Domain 提交 2018-04-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1475–1588（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）PBS；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PDZ3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] PDZ3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6GBE Murine Protein Tyrosine Phosphatase PTPN13 PDZ3 Domain-PRK2 Peptide Complex 提交 2018-04-13 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1475–1588（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）PBS；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PDZ3/PRK2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 15N] PDZ3/PRK2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN13_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–102； UniProt 1350–1443

Adenomatous polyposis coli protein

物种未注明

UniProt Q61315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2834–2845 片段：C-terminus of APC protein-tyrosine-phosphatase (nonreceptor type 13) × 1 （Q64512） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：1mM PDZ2 protein, U-15N,13C; 3mM APC peptide, unlabelled | 50 mM KH2PO4/K2HPO4 50 mM KCl, pH 6.8, H2O/D2O (95%/5%) 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1VJ6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9W9I Cryo-EM structure of the kinesin-2 tail domain in complex with KAP3 and APC 提交 2025-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 338–1010（673 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APC_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 2834–2845

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1vj6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1vj6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vj6
沉积日期 deposition_date2004-02-03
结构标题 titlePDZ2 from PTP-BL in complex with the C-terminal ligand from the APC protein
关键词 keywordsPDZ, complex, APC, protein-protein interaction, PTP-BL, C-terminus, Hydrolase-Signaling Protein COMPLEX; Hydrolase/Signaling Protein
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.58 Å
零角强度 I(0) i01888620000.00
分子量 molecular_weight369780.0 kDa
排除体积 excluded_volume464110 ų
包络体积 envelope_volume25133 ų
水化壳体积 shell_volume14153 ų
包络直径 envelope_diameter47.6 Å
壳层 Rg shell_rg20.92 Å
包络 Rg envelope_rg15.18 Å
形状 Rg shape_rg12.56 Å
总 Rg total_rg12.77 Å
总原子数 total_atoms52815
残基数 n_residues3535
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.5 Å
Rg (实空间) rg_real12.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1889000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8121
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.0 Å
偏度 Skewness skewness0.013
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha202400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1vj6a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1vj6a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1vj6A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)