1vkd

Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermotoga maritima msb8 at 2.10 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

conserved hypothetical protein TM1225

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 water × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X0V2_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326 作者链 B； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326 作者链 C； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326 作者链 D； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326 作者链 E； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326 作者链 F； PDB构建体 13–338； UniProt 1–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vkd
沉积日期 deposition_date	2004-05-12
结构标题 title	Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermotoga maritima msb8 at 2.10 A resolution
关键词 keywords	Structural genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vkd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vkd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.97 Å
Rg（电子密度）	27.32 Å
总 Rg	28.06 Å
原子数	5302
残基数	643
排除体积	94226 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vkd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vkd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vkd__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1vkd__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1vkd__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1vkd__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	conserved hypothetical protein TM1225
分子量 formula_weight	38994.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	16823

MGSDKIHHHHHHMKVFTEKIPNIPWEERPEGYTGPVWRYSKNPIIGRNPVPKGARVFNSAVVPYNGEFVGVFRIDHKNTRPFLHFGRSKDGINWEIEPEEIQWVDVNGEPFQPSYAYDPRVVKIEDTYYITFCTDDHGPTIGVGMTKDFKTFVRLPNAYVPFNRNGVLFPRKINGKYVMLNRPSDNGHTPFGDIFLSESPDMIHWGNHRFVLGRSSYNWWENLKIGAGPYPIETSEGWLLIYHGVTLTCNGYVYSFGAALLDLDDPSKVLYRSRYYLLTPEEEYETVGFVPNVVFPCAALCDADTGRVAIYYGAADTHVALAFGYIDEIVDFVKRNSM

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	954

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1vkda1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

结构域编号 domain_id	d1vkda2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vkdb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

结构域编号 domain_id	d1vkdc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

结构域编号 domain_id	d1vkdd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

结构域编号 domain_id	d1vkde_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

结构域编号 domain_id	d1vkdf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.4 — TM1225-like predicted glycosylases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1vkdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1vkdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1vkdC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1vkdD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1vkdE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1vkdF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

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晶胞边长 a length_a	86.867 Å
晶胞边长 b length_b	100.908 Å
晶胞边长 c length_c	253.433 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	82.170 Å
R 因子 r_factor	0.1642
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.2040

Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermotoga maritima msb8 at 2.10 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

conserved hypothetical protein TM1225

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vkd__assembly_1__model_1

1vkd__assembly_1__model_1 | I(q)

1vkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a predicted glycosidase (tm1225) from thermotoga maritima msb8 at 2.10 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

conserved hypothetical protein TM1225

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vkd__assembly_1__model_1

1vkd__assembly_1__model_1 | I(q)

1vkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)