1vlp

Crystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransferase (yor209c, npt1) from saccharomyces cerevisiae at 1.75 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nicotinate phosphoribosyltransferase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–441； UniProt 1–429 作者链 B； PDB构建体 13–441； UniProt 1–429 作者链 C； PDB构建体 13–441； UniProt 1–429 作者链 D； PDB构建体 13–441； UniProt 1–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vlp
沉积日期 deposition_date	2004-08-06
结构标题 title	Crystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransferase (yor209c, npt1) from saccharomyces cerevisiae at 1.75 A resolution
关键词 keywords	Structural genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vlp__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vlp__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vlp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.41 Å
Rg（电子密度）	21.28 Å
总 Rg	22.10 Å
原子数	3352
残基数	410
排除体积	59967 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vlp__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vlp__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vlp__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1vlp__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	nicotinate phosphoribosyltransferase
分子量 formula_weight	51013.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14774

MGSDKIHHHHHHMSEPVIKSLLDTDMYKITMHAAVFTNFPDVTVTYKYTNRSSQLTFNKEAINWLKEQFSYLGNLRFTEEEIEYLKQEIPYLPSAYIKYISSSNYKLHPEEQISFTSEEIEGKPTHYKLKILVSGSWKDTILYEIPLLSLISEAYFKFVDIDWDYENQLEQAEKKAETLFDNGIRFSEFGTRRRRSLKAQDLIMQGIMKAVNGNPDRNKSLLLGTSNILFAKKYGVKPIGTVAHEWVMGVASISEDYLHANKNAMDCWINTFGAKNAGLALTDTFGTDDFLKSFRPPYSDAYVGVRQDSGDPVEYTKKISHHYHDVLKLPKFSKIICYSDSLNVEKAITYSHAAKENGMLATFGIGTNFTNDFRKKSEPQVKSEPLNIVIKLLEVNGNHAIKISDNLGKNMGDPATVKRVKEELGYTERSWSGDNEAHRWT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1271

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_id	d1vlpa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.2 — Nicotinate/Quinolinate PRTase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.41.2.2 — Monomeric nicotinate phosphoribosyltransferase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.17 — Nicotinate/Quinolinate PRTase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.17.2 — Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vlpb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.2 — Nicotinate/Quinolinate PRTase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.41.2.2 — Monomeric nicotinate phosphoribosyltransferase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.17 — Nicotinate/Quinolinate PRTase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.17.2 — Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.2 — Nicotinate/Quinolinate PRTase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.41.2.2 — Monomeric nicotinate phosphoribosyltransferase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.17 — Nicotinate/Quinolinate PRTase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.17.2 — Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vlpd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.2 — Nicotinate/Quinolinate PRTase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.41.2.2 — Monomeric nicotinate phosphoribosyltransferase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.17 — Nicotinate/Quinolinate PRTase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.17.2 — Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1vlpd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1vlpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	140 — nicotinate phosphoribosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nicotinate phosphoribosyltransferase

结构域编号 domain_id	1vlpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	140 — nicotinate phosphoribosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nicotinate phosphoribosyltransferase

结构域编号 domain_id	1vlpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	140 — nicotinate phosphoribosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nicotinate phosphoribosyltransferase

结构域编号 domain_id	1vlpD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	140 — nicotinate phosphoribosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — nicotinate phosphoribosyltransferase

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晶胞边长 a length_a	54.406 Å
晶胞边长 b length_b	83.103 Å
晶胞边长 c length_c	107.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.35 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	97.99 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	48.240 Å
R 因子 r_factor	0.1716
R_work r_work	0.1696
R_free r_free	0.2096

Crystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransferase (yor209c, npt1) from saccharomyces cerevisiae at 1.75 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nicotinate phosphoribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vlp__assembly_2__model_1

1vlp__assembly_2__model_1 | I(q)

1vlp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransferase (yor209c, npt1) from saccharomyces cerevisiae at 1.75 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nicotinate phosphoribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vlp__assembly_2__model_1

1vlp__assembly_2__model_1 | I(q)

1vlp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)