1vp7

Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

exodeoxyribonuclease VII small subunit

Bordetella pertussis Tohama I

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EX7S_BORPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88 作者链 B； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88 作者链 C； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88 作者链 D； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88 作者链 E； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88 作者链 F； PDB构建体 13–100； UniProt 1–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vp7
沉积日期 deposition_date	2004-10-14
结构标题 title	Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution
关键词 keywords	;NP_881400.1, Exodeoxyribonuclease VII small subunit E.C.3.1.11.6, structural genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, PSI, Protein Structure Initiative, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vp7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vp7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vp7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.88 Å
Rg（电子密度）	19.88 Å
总 Rg	20.63 Å
原子数	1061
残基数	138
排除体积	18905 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vp7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vp7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vp7__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1vp7a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

结构域编号 domain_id	d1vp7b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

结构域编号 domain_id	d1vp7c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

结构域编号 domain_id	d1vp7d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

结构域编号 domain_id	d1vp7e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

结构域编号 domain_id	d1vp7f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.13 — XseB-like
家族 Family family	a.7.13.1 — XseB-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1vp7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

结构域编号 domain_id	1vp7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

结构域编号 domain_id	1vp7C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

结构域编号 domain_id	1vp7D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

结构域编号 domain_id	1vp7E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

结构域编号 domain_id	1vp7F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1040 — Exonuclease VII, small subunit

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晶胞边长 a length_a	107.030 Å
晶胞边长 b length_b	107.030 Å
晶胞边长 c length_c	207.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.020 Å
R 因子 r_factor	0.2047
R_work r_work	0.2027
R_free r_free	0.2444

描述 description	exodeoxyribonuclease VII small subunit
分子量 formula_weight	11232.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.11.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	3262

Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

exodeoxyribonuclease VII small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vp7__assembly_2__model_1

1vp7__assembly_2__model_1 | I(q)

1vp7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Bordetella pertussis Tohama I
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	257313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

Crystal structure of Exodeoxyribonuclease VII small subunit (NP_881400.1) from Bordetella pertussis at 2.40 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

exodeoxyribonuclease VII small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vp7__assembly_2__model_1

1vp7__assembly_2__model_1 | I(q)

1vp7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)