1vrs

Crystal structure of the disulfide-linked complex between the N-terminal and C-terminal domain of the electron transfer catalyst DsbD

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein dsbD

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSBD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–143； UniProt 20–162 作者链 B； PDB构建体 1–143； UniProt 20–162 作者链 C； PDB构建体 1–143； UniProt 20–162 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 438–565 作者链 E； PDB构建体 1–128； UniProt 438–565 作者链 F； PDB构建体 1–128； UniProt 438–565

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vrs
沉积日期 deposition_date	2005-06-17
结构标题 title	Crystal structure of the disulfide-linked complex between the N-terminal and C-terminal domain of the electron transfer catalyst DsbD
关键词 keywords	DsbD, immunoglobulin-like, thioredoxin-like, disulfide-linked, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vrs__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vrs__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vrs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.81 Å
Rg（电子密度）	20.88 Å
总 Rg	21.75 Å
原子数	1925
残基数	243
排除体积	34070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vrs__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vrs__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vrs__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiol:disulfide interchange protein dsbD
分子量 formula_weight	15982.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.1.8
突变 mutation	C103S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5954

GLFDAPGRSQFVPADQAFAFDFQQNQHDLNLTWQIKDGYYLYRKQIRITPEHAKIADVQLPQGVWHEDEFYGKSEIYRDRLTLPVTINQASAGATLTVTYQGSADAGFCYPPETKTVPLSEVVANNAAPQPVSVPQQEQPTAQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thiol:disulfide interchange protein dsbD
分子量 formula_weight	15081.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.1.8
突变 mutation	C464S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ATHTAQTQTHLNFTQIKTVDELNQALVEAKGKPVMLDLYADWCVASKEFEKYTFSDPQVQKALADTVLLQANVTANDAQDVALLKHLNVLGLPTILFFDGQGQEHPQARVTGFMDAETFSAHLRDRQPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	284

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1vrsa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.17 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)
家族 Family family	b.1.17.1 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)

结构域编号 domain_id	d1vrsb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.17 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)
家族 Family family	b.1.17.1 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)

结构域编号 domain_id	d1vrsc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.17 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)
家族 Family family	b.1.17.1 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain (DsbD-alpha)

结构域编号 domain_id	d1vrsd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d1vrse_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d1vrsf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1vrsA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1vrsB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1vrsC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 — Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1vrsD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1vrsE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1vrsF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	188.460 Å
晶胞边长 b length_b	52.600 Å
晶胞边长 c length_c	107.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2840

Crystal structure of the disulfide-linked complex between the N-terminal and C-terminal domain of the electron transfer catalyst DsbD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein dsbD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vrs__assembly_2__model_1

1vrs__assembly_2__model_1 | I(q)

1vrs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the disulfide-linked complex between the N-terminal and C-terminal domain of the electron transfer catalyst DsbD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein dsbD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vrs__assembly_2__model_1

1vrs__assembly_2__model_1 | I(q)

1vrs__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)